Núñez de Vela tenía por encargo imponer la autoridad real en desmedro del poder adquirido por los conquistadores.Así, se le encomendó asegurar el cumplimiento de las Leyes Nuevas, promulgadas en 1542 para proteger a la población nativa del Perú.Ante esto, los encomenderos indignados realizaron protestas y organizaron una rebelión, eligiendo a Gonzalo como su líder.Enterado Gonzalo Pizarro, salió de Lima con sus fuerzas y se dirigió al norte, llegando a Trujillo.El virrey retrocedió entonces, temiendo el poderío de su adversario y volvió a Quito a marchas forzadas, largo y fatigoso trayecto que realizó mientras era perseguido muy de cerca por Gonzalo, apenas combatiendo muy poco.En Charcas, el capitán Diego Centeno se sublevó contra los encomenderos, alzando la bandera del rey.Benalcázar fue herido por varios disparos, a la vez que eran muertos Juan de Guevara y Sánchez Dávila.A todo esto, la ya vencedora caballería rebelde arrollaba sin compasión, en tanto que los arcabuceros no cesaban de disparar.Al principio no lo identificaron por llevar el uncu o poncho inca encima de su armadura, pero poco después un soldado lo reconoció y la noticia llegó al licenciado Benito Suárez de Carbajal, cuyo hermano Illán había sido muerto en Lima por el virrey.Gonzalo Pizarro ordenó traer a Quito el cuerpo del virrey Blasco Núñez Vela y retirar de la picota su cabeza, demostrando que dicha infamia había sido hecha sin su consentimiento; luego lo hizo enterrar honoríficamente en la iglesia mayor de la ciudad.El caudillo rebelde asistió personalmente al entierro y mandó hacer misas por su alma, ordenando que todos llevasen luto por su muerte.Centeno fue proclamado por el Cabildo de la Plata como Capitán General y Justicia Mayor.Reunió una fuerza de 180 hombres fieles al rey y con ellos bajó hasta Arequipa, a la que tomó fácilmente.Ya por ese entonces, se había enterado de la derrota y muerte del virrey Núñez Vela en Iñaquito.Tiempo después, le llegaron las noticias a Diego Centeno, de que el pacificador Pedro de la Gasca arribaba al Perú y reagrupaba a las tropas leales al rey, yendo en campaña contra Gonzalo.Pronto logró reunir Centeno un ejército de 1000 soldados, con los que pasó al altiplano, a orillas del lago Titicaca.Los rebeldes dispararon sobre los todavía distantes realistas y la provocación surtió efecto, pues la infantería de Centeno avanzó, llevando los piqueros las picas caladas.Cepeda recibió un sablazo en la cara y el mismo Gonzalo perdió su caballo, quedando convencido de su derrota.Estos, viendo que era imposible romper las líneas rebeldes, la rodearon en desorden hasta llegar a su retaguardia, donde se reunieron con el otro escuadrón de caballería realista, el mismo que acababa de derrotar a la caballería rebelde.Aflojada así la principal fuerza de los realistas, los rebeldes dominaron la situación y obtuvieron el triunfo.Lo que al principio parecía un triunfo realista, se tornó, pues en una victoria total para los rebeldes, merced sobre todo a los diestros arcabuceros de Carbajal.Centeno, que desde lejos observó el desastre, cambió su litera por un caballo y se dio a la fuga.[4] Después del triunfo, los rebeldes saquearon el campamento realista, hasta que muy entrada la noche; se apoderaron de oro, plata y ganado, entre otras riquezas, a tal punto que muchos se tornaron ricos con tal saco.Al amanecer siguiente, todos los rebeldes fueron decapitados, a excepción de Carvajal, que por ser plebeyo fue ahorcado.Años después, se sumó al conjunto la calavera de Francisco Hernández Girón, otro rebelde ajusticiado.Hernández Girón fue un encomendero que participó activamente en la batalla de Jaquijahuana en 1548 en el bando leal.
