Portugal bajo la Casa de Austria —denominado por la historiografía portuguesa como Dinastía filipina o Tercera Dinastía, o también denominada por la historiografía mundial como Unión Ibérica— es el periodo histórico comprendido entre 1580 y 1640 en el que Portugal constituyó una unión dinástica aeque principaliter junto con los demás dominios que componían la Monarquía Hispánica bajo el mismo soberano de Casa de Austria, que fueron: Esta unión reunió a toda la península ibérica, así como a las posesiones de ultramar portuguesas y españolas, bajo los monarcas españoles de los Habsburgo.
Así, la unión de Portugal y Castilla daría lugar a un conglomerado territorial que incluía posesiones en todo el mundo: México, Cuba, América Central, Sudamérica, Filipinas, como núcleos costeros en Berbería, Guinea, Angola, Mozambique, Golfo Pérsico, India y en el sudeste asiático (Macao, Molucas, Formosa...).
Así no fue, por tanto, propiamente dicho un imperio hispano-portugués, ya que no existía una administración portuguesa opuesta a otra española, sino que la administración portuguesa era tan particular como podía tener otro reino de los que se constituía España; los mismos contemporáneos dan cuenta de esto: Sería ya en el siglo XVIII, cuando cambió esta concepción de España y se refijaron sus límites geográficos, institucionales y de acción política, pero sin Portugal.
[24] La correspondencia administrativa de los diferentes territorios de la Monarquía llegaba a los diferentes Consejos, en Madrid, después el secretario de cada Consejo organizaba el material que tenía que entregar a la atención del rey, y con posterioridad, el rey reunido con los secretarios solicitaba el dictamen del Consejo correspondiente.
Incluso, el consejo de guerra ejercía su jurisdicción sobre las tropas ubicadas en las fortificaciones castellanas establecidas en el litoral portugués.
La función del Consejo era manifestar al rey los asuntos referidos a la justicia, la gracia, y la economía de la Corona portuguesa.
Cualquier decisión del rey que afectara a Portugal debía pasar por una consulta al Consejo antes de ser transmitido a la cancillería de Lisboa y ante los tribunales afectados.
Desde la Restauración en 1640, el Consejo siguió vigente, ya que Felipe IV no había reconocido la independencia de Portugal, y llevó a cabo la atención a los portugueses fieles al monarca español, y del gobierno de Ceuta.
Los oficios públicos se reservaban para los súbditos portugueses tanto en la metrópoli como en su territorios ultramarinos.
Las numerosas guerras en las que España se vio envuelta, por ejemplo contra las Provincias Unidas (guerra de los Ochenta Años) y contra Inglaterra, habían costado vidas portuguesas y oportunidades comerciales.
Dos revueltas populares portuguesas habidas en 1634 y 1637, especialmente en la región del Alentejo, no llegaron a tener proporciones peligrosas, pero en 1640 el poder militar español se vio reducido debido a la guerra con Francia y la sublevación de Cataluña.
La historiografía proportuguesa ha mantenido que la unión de las coronas ibéricas resultó perjudicial para el reino portugués debido a las guerras emprendidas en Europa por los monarcas Habsburgo.
Portugal se vio envuelto en las vicisitudes en las que hallaba la Corona, siendo arrastrado a conflictos costosos (en término de vidas y recursos financieros y territoriales) con potencias emergentes como Inglaterra y sobre todo la República de las Provincias Unidas, que afectaron a los territorios ultramarinos de Portugal durante este período.
Durante la Unión hubo mucho bilingualismo; Stanley G. Payne alega que entre la población educada todos eran bilingües o al menos leían el español.