Separación Iglesia-Estado
Ocurre sobre todo en aquellos Estados con religión de Estado u oficial que favorecen legal o informalmente una religión en detrimento de las demás por medio del patronato regio u otras acciones similares.
Se consolida con la Ilustración, por medio de la corriente filosófica racionalista, llegando a ser una política oficial durante la Revolución francesa, la Independencia estadounidense y las revoluciones liberales que buscan deshacer la llamada "alianza entre el Trono y el Altar".
Sin embargo, el monarca nunca llegó a convertirse en líder espiritual de sus súbditos, pues reconocía al Papa como máxima autoridad religiosa; a diferencia de aquellos países protestantes donde se crearon Iglesias nacionales.
Por orden del Papa, el cardenal Roberto Belarmino publicó una refutación, bajo el seudónimo de Mateus Torti.
[12] Pese a ello, se debe agregar que, desde mediados del siglo XVI hasta el XIX, existieron 2 corrientes de pensamiento para explicar jurídicamente los orígenes del real patronato en el derecho natural de la tradición escolástica tomista.
La segunda escuela, los "canonistas" o "ultramontanistas", quienes demostraron que el patronato regio originalmente no era laico, sino de origen espiritual, y se fundaba únicamente en las concesiones pontificias que León X, Julio II, Alejandro VI, Julio II y sus sucesores otorgaron a los monarcas europeos.
En Gran Bretaña existen algunas leyes relativas a la religión del monarca: la Ley de Instauración (Act of Settlement) y la Ley de Matrimonios Reales, que entre otras cosas prohíben que el soberano se case con una persona católica; o el Juramento de Coronación, que obliga a preservar la religión protestante.
Los eruditos musulmanes estaban dotados y separados del estado, de lo cual se volvieron muy críticos.
Por lo tanto, los eruditos eran generalmente independientes, con algunos baches en la historia como la mihna como la excepción más que la regla.
Al separarse completamente ambas instituciones, la larga disputa entre la Iglesia y el Estado en Chile terminó.
La separación fue finalmente acordada con la Santa Sede en 1925, lo que puso término a las disputas.
Existe controversia respecto del tratamiento que se le debe dar a la asignatura de Religión en la escuela.
Un asunto también controvertido es el de los colegios concertados, en su mayoría ligados a la Iglesia Católica de una forma u otra, y que reciben financiación pública en los que (los ligados a la Iglesia) la religión se imparte «obligatoriamente».
