Molina era el jefe indiscutido y sus socios (que le reconocían su condición de "padrino" ) incluían a personas como Víctor Carranza, Julio Rincón,[8][9][10] Benito Méndez, "el mono Bernal", Julio Silva y Juan Vitar.
Estos explotaban legalmente concesiones otorgadas por el gobierno colombiano a sociedades de las que ellos y otros esmeralderos eran miembros.
La guerra verde entre Molina y los Vargas se tornó cada vez más sangrienta y, mientras eso sucedía, Rodríguez Gacha, que había ascendido rápidamente en las estructuras del "zar verde", se independizó para dedicarse a una actividad considerablemente más rentable: el narcotráfico.
Asociado a las mafias afincadas en Antioquia, controló un ala autónoma de la organización narcotraficante en el centro del país, manejando hombres y recursos propios.
En 1981 financiaría en conjunto con sus socios la creación del primer grupo de autodefensas, el Muerte a Secuestradores (MAS).
Los Ochoa, Pablo Escobar, Carlos Lehder y Rodríguez Gacha debieron huir a Panamá.
Este periodo negro pasaría a denominarse en la historia de Colombia como la Guerra del Narcoterrorismo.
El 27 de febrero de 1989 infiltró un comando armado en Sasaima (Cundinamarca) y liquidó al amo y señor del negocio esmeraldero en Colombia, Gilberto Molina Moreno junto a 17 personas más.
[12] Pronto pasó a atentar contra Víctor Carranza, otro exsocio suyo, convertido en el nuevo «zar» de las esmeraldas.
Más tarde arrojaron vivo desde una avioneta a Pedro Julio Yaya, un vigilante de la veta.
[15] Hacia 1989, Rodríguez Gacha tenía a su disposición un millar de hombres en un ejército personal adiestrado por mercenarios extranjeros.
Entre estos destacó Yair Klein, un teniente coronel retirado del ejército israelí, liderando un equipo de instructores en Puerto Boyacá durante 1988.
Rodríguez Gacha se convirtió así en el principal comandante del "Narcoparamilitarismo" en Colombia.
Además, sus contactos con elementos corruptos dentro de las fuerzas gubernamentales le brindaban la suficiente impunidad como para actuar contra sus enemigos con total libertad.
Hasta Putumayo, con "Los Masetos" llegaban los tentáculos del narco al momento de su muerte.
Las principales ciudades: Bogotá, Medellín, Cali, Barranquilla, Bucaramanga y Cartagena, fueron bombardeadas diariamente (100 actos terroristas de septiembre a diciembre).
El 24 de agosto, las bombas que estallaron en la capital antioqueña, dieron inicio a su violenta arremetida.
Herido el cartel, Escobar y Rodríguez Gacha respondieron con dos violentas acciones en la capital de Colombia.
El gobierno, enfrentado a una guerra total y tras el atentado al edificio del DAS, se enfocó en capturar a los cabecillas del cartel, ofreciendo 500 millones de pesos por la cabeza de Rodríguez Gacha[19] (la misma cantidad ofrecida por Escobar).
Con esto, parecía que se había perdido cualquier pista a Rodríguez Gacha.
Con altavoces y sirenas pidieron a Rodríguez Gacha que se entregara, sin obtener respuesta alguna.
Los helicópteros siguieron rastreando la zona, pensando tal vez que los narcoterroristas habían huido ya.
La Policía se percató rápidamente de la huida del camión y emprendieron su persecución.
Acorralado, contestó a los disparos, revelando su ubicación, la ametralladora le respondió y cayó al ser herido en una pierna.
Minutos después, a las 13:45 horas, cayó el último de los hombres del capo.
[22] Otra versión entregada por el Navegante sostiene que Rodríguez Gacha, al verse acorralado por la policía se inmolo con una granada para evitar ser capturado y extraditado a los Estados Unidos (versión que también coincide con la de un morador de nombre Pedro Montes Herrera, quien estaba en la finca y en el lugar donde Gacha huía y reveló que "El Mexicano" le suplicó ayuda desesperadamente al ser perseguido por la policía).
En marzo de 2006, dicho maletín negro y las guacas volvieron a salir a la luz pública, cuando se reveló que Estados Unidos había recibido 60 millones de dólares para borrar cualquier indicio que permitiera involucrar a los herederos de "El Mexicano" en los múltiples juicios que se le siguen al narcotraficante.
En efecto, los investigadores, según reveló la revista Cambio, descubrieron abundantes documentos incautados durante los allanamientos realizados a propiedades de "El Mexicano".
En respuesta, el senador Javier Cáceres Leal anunció un debate en el Congreso, "pues si la inmunidad judicial se compra en Estados Unidos con dinero, ¿por qué debe Colombia seguir con lo más duro y sangriento del esfuerzo, y recibir apenas las migajas de los millonarios recursos incautados?".