[1][2] Nació en Puerto Boyacá (Boyacá) y su familia era colaboradora del Frente 4 de las FARC, y Guarín les vendía municiones que adquiría con el Ejército Nacional, su padre Gonzalo de Jesús Pérez, que era enfermero atendía a los guerrilleros heridos.
[4][5][6] En 1983 se le acusó de pertenecer al grupo paramilitar Muerte a Secuestradores (MAS).
[8] Logró el patrocinio de narcotraficantes como Gonzalo Rodríguez Gacha, quien también estaba enfrentado con las FARC-EP y había adquirido terrenos en Puerto Boyacá.
[7][20] Las desmovilizadas FARC-EP en 2020 reconocieron su responsabilidad en su asesinato y el de otros políticos, como Álvaro Gómez Hurtado.
[21][22] El consejo de Puerto Boyacá creó la Medalla al mérito cívico Pablo Emilio Guarín Vera, con la cual se reconoció a la viuda del paramilitar Henry Pérez.