[7] A principios de los 1990s, en pleno boom del narcotráfico, Isaza extendió su guerra contra Pablo Escobar, quien buscaba acuerdos con los paramilitares para la expansión de cocaína en Puerto Boyacá y Puerto Triunfo.
Por desobedecer órdenes de Escobar, fueron asesinados tres (3) sobrinos y su hijo John, según recordó Isaza en sus declaraciones.Así mismo, seis (6) de sus ocho (8) hijos siguieron sus pasos como comandantes paramilitares.
Finalmente todos se presentaron junto a “El Viejo” y entregaron las armas en Puerto Triunfo.
[10][11] Se ha asegurado que Isaza deberá utilizar un brazalete electrónico y asistir a todas las citaciones hechas por las autoridades judiciales.
[10] En 2020 su hijo Ovidio Isaza Gómez alias 'el Roque' fue condenado por desplazamiento forzado.