Al quedar muy debilitada, no pudo participar en la guerra lamiaca, tras la muerte de Alejandro Magno.
La Liga Aquea era una confederación en la que cada Estado o ciudad miembro era autónomo, pero todos los miembros participaban en el Consejo que se reunía dos veces al año para formular la política exterior común y para promulgar la legislación relativa a cuestiones económicas tales como la moneda.
Dotaron a la liga con instituciones federales: todas las polis en pie de igualdad, debían comportarse como los miembros de un Estado, obedecer a un gobierno federal y no negociar separadamente con las otras ciudades.
A partir de 255 a. C.–254 a. C., su magistrado principal era un strategos, reelegible, pero nunca durante dos años consecutivos.
También había un subestrategos (hupostrategos), pero no se saben sus funciones; un secretario (grammateos); y un comité permanente de diez miembros (demiurgos) seguramente uno por cada ciudad, que dirigían la administración de la Liga y presidían la Asamblea.
En ambas instituciones, Boulé (Consejo) y Ekklesía (Asamblea), tomaban parte los ciudadanos mayores de treinta años.
Hacia el año 200 a. C., la Ekklesía solo era convocada para las reuniones extraordinarias, y para asuntos de guerra o alianza.
La cuestión a debatir debía ser conocida previamente y únicamente ésta era tratada.
Fue strategos en varias ocasiones y se enfrentó a Arato más de una vez.
Finalmente, accedieron a entrar en alianza con Esparta con el rey Cleómenes como jefe de dicha confederación.
Las negociaciones con Cleómenes fracasaron y la guerra se reanudó en 224 a. C. Cleómenes III fue finalmente derrotado en Selasia en 222 a. C. Como precio por la ayuda de su antiguo enemigo, la Liga se vio sometida otra vez a Macedonia.
Cleómenes partió hacia Egipto y Antígono se hizo el amo de Esparta, pero no dio nuevas posesiones a la Liga Aquea.
Los aqueos fueron derrotados y Arato solicitó de nuevo socorro a Macedonia, donde ya reinaba Filipo V.
Es posible que Arato fuera envenenado por orden de Filipo en 213 a. C. La Liga se regeneró con Filopemen, que introdujo reformas en el ejército y adoptó las tácticas de los macedonios y pudo obtener una cierta independencia.
Después de la derrota del rey macedonio Perseo por los romanos, Calícrates envió a Roma a mil aqueos escogidos, que fueron acusados de ayudar al rey macedonio (167 a. C.) y que permanecieron como prisioneros en Italia durante 17 años, tras los cuales, cuando solo quedaban con vida 300, les fue permitido el retorno por el Senado.
En 146 a. C., Critolao marchó por Beocia hacia Tesalia, pero se retiró al toparse con Metelo, que venía de Macedonia.
En definitiva, la Liga no llegó, sin embargo, a unificar el Peloponeso bajo su égida: la secesión de Esparta, los maniobras romanas y su imprudencia, bajo la conducción de Filopemen y Critolao, condujeron a su disolución en 146 a. C., tras la guerra aquea; aunque poco después fue organizada una pequeña Liga Aquea que continuó bajo el Imperio romano.