Estaba situada en una pequeña península que formaba una llanura con viñas y montañas.

La ciudad fue gobernada por reyes, pero más tarde la oligarquía sustituyó a la monarquía.

[11]​ Periandro atacó Epidauro e hizo prisionero a Procles conquistando la ciudad.

En época histórica, oligarcas dóricos continuaban siendo los dirigentes de la ciudad, que era una de las principales ciudades comerciales del Peloponeso, y colonizó Egina que por mucho tiempo fue una dependencia.

La ciudad de Epidauro estaba gobernada por artinos (artynae) que presidían un consejo de 180 miembros; los habitantes originales no dorios eran los konípodes que trabajaban la tierra para sus amos dorios, pero no eran esclavos.

Tomó parte en el «asunto de Corcira» y proporcionó trirremes a Corinto.

En el 419 a. C., durante la guerra del Peloponeso, los argivos intentaron conquistar la ciudad, pero fueron rechazados.

[12]​ Más tarde, toda la Liga se aliaría con Roma con la que firmaría un tratado de paz en 198 a. C. Escipión Emiliano la visitó en 168-167 a. C., en la misma época que otros grandes lugares del helenismo, como Atenas, Delfos y Olimpia.

En territorio de Epidauro, el monte Cirtonio fue un lugar donde se rendía culto a una divinidad sanadora desde el siglo XVI a. C. En este mismo lugar fue erigido un santuario de Apolo Maleatas en torno al año 800 a. C. y fue a mediados del siglo VI a. C. cuando se estableció el culto a Asclepio, que tuvo que desarrollarse en el valle que hay al pie del monte debido a la gran afluencia de peregrinos que hacia que el espacio situado en la cima del monte fuera insuficiente.

Fue concebido por el arquitecto y escultor Policleto el Joven a mitad del siglo IV a. C., igualmente responsable de la tholos, reseñable por sus columnas corintias adornadas con bellos capiteles.

También se han hallado algunos restos del periodo micénico que incluyen tumbas de cámara, un santuario que precedió al posterior templo de Apolo Maleatas, y un pequeño asentamiento junto a este.