Sus herederos pretendientes al trono tomaron el nombre de jacobitas y durante muchos años lucharon por la restauración dinástica, sin lograrlo.
Jacobo prefirió rechazar tales acciones, renunciando a su cargo de Gran Lord Almirante.
No obstante, permitió que Jacobo (viudo desde 1671) se casara nuevamente con la princesa católica María de Módena.
Un fanático clérigo anglicano, Titus Oates, acusó falsamente a Jacobo y otros nobles de un "Complot Papista", que tendría como objetivo asesinar al rey Carlos II y poner a Jacobo en el trono.
Algunos incluso propusieron que la corona pasara al hijo ilegítimo de Carlos II, James Scott.
Carlos, cuya popularidad era muy alta en ese entonces, permitió que el duque de York volviera a Inglaterra en 1682.
En un principio no hubo demasiada oposición abierta al nuevo soberano y muchos conservadores anglicanos incluso lo apoyaron.
El nuevo Parlamento que abrió en mayo de 1685 parecía favorable a Jacobo, acordando concederle una generosa renta.
El músico Henry Purcell compuso su obra They that go down to the sea in ships para ser interpretada por el extraordinario barítono John Gostling en conmemoración de dicho acontecimiento.
Los llamados "Juicios Sangrientos" de Jeffreys hicieron que el público viera a su rey como un gobernante cruel y bárbaro.
Para protegerse contra otras rebeliones, Jacobo II trató de establecer un ejército grande y poderoso.
Estas políticas hicieron que el rey perdiera la ayuda de sus antiguos aliados, los Tories.
En el colmo de la controversia, Jacobo acreditó al Nuncio Papal y concedió cargos gubernamentales a cuatro obispos católicos.
Jacobo II estaba a la cabeza de un sofisticado y popular movimiento reformista al que el historiador Scott Sowerby bautiza como repealers,[1] un amplio movimiento nacional e ideológicamente coherente[2] cuyo principal objetivo era abolir siglo y medio de leyes penales que proscribían la adoración religiosa fuera de la iglesia oficial, marginando así no solo a católicos, sino a otros grupos protestantes conocidos como dissenters.
El movimiento repealer, en palabras de Sowerby, «was a curious mixture of top-down state sponsorship and bottom-up popular organizing».
[7] Pero para los enemigos del rey, estos eran muchos más y estaban ocultos esperando su oportunidad.
Según Penn, la única solución para realmente anular estas teorías conspiratorias era la abolición efectiva de las leyes penales.
Para septiembre estaba claro que Guillermo iba a intentar invadir el país y aun así, Jacobo cometió el error de rechazar la ayuda de Luis XIV, temiendo que los ingleses se opusieran a la intervención francesa.
Su propia hija Ana se unió a las fuerzas invasoras, provocando una gran angustia al rey.
Cuando Jacobo huyó del reino, el Parlamento todavía no había sido convocado.
Aunque este había de reunirse a instancias del monarca reinante, el Príncipe de Orange emplazó a sus miembros a organizar una "Convención Parlamentaria" extraordinaria, teniendo presente que este procedimiento ya había sido utilizado en épocas anteriores en caso de que la sucesión al trono no estuviera clara (sería por ejemplo una Convención Parlamentaria la que restaurara a Carlos II en el trono después de la Guerra Civil).
Guillermo y María concedieron a la nobleza inglesa un pacto que es conocido con el nombre del Carta de Derechos.
El Parlamento irlandés, a diferencia del inglés, declaró que Jacobo seguía siendo su rey.
[cita requerida] En Francia se le autorizó a residir en el château real de Saint-Germain-en-Laye.
Pese a todo el monarca francés, de la manera más inesperada, continuó dándole todo su apoyo, llegando a decirle en privado que el Tratado de Ryswick era, en pocas palabras, nada más que un mero reconocimiento formal.
Durante sus últimos años, Jacobo vivió austeramente y dando grandes muestras de devoción.