Otro maestro del joven heredero fue Arthur Lallart, quien luego sería interrogado en Londres por haber ido a Escocia en 1562.

Se casó con la reina María Estuardo de Escocia en 1565, lo que provocó un gran malestar en la nobleza protestante escocesa; pues, aunque la mayoría de Escocia se había convertido en 1560 al presbiterianismo (corriente del Calvinismo), la reina siguió siendo católica.

Dicho enlace también provocó preocupación en Inglaterra, ya que Isabel I de Inglaterra no había aprobado dicha unión (a pesar de su origen escocés, Darnley había nacido y crecido en Inglaterra y era por tanto su súbdito), aparte de la amenaza que provocaba, pues el matrimonio en sí constituía una amenaza para Isabel: Tanto Darnley como María descendían de Margarita Tudor y los católicos consideraban a María su heredera legítima.

Además, el primogénito que tuvieran ambos sería un claro pretendiente a su trono.

Lord Darnley murió asesinado al año siguiente durante una conspiración, posiblemente dirigida por James Hepburn, IV conde de Bothwell, posible amante y futuro esposo de la reina.