Enrique Estuardo, el marido de la reina, celoso de los rumores que corrían sobre un supuesto romance entre Rizzio y ella, se unió a una conspiración liderada por Patrick Ruthven y otros nobles protestantes para asesinarlo.

[7]​ María le entregó como presentes elaboradas telas de su guardarropa, incluyendo terciopelo negro decorado con oro.

[9]​ La noche del asesinato se encontraban sentados a la mesa María, Rizzio, Lady Jean Stewart,.

[11]​ Tras este violento forcejeo, Rizzio fue arrastrado desde la alcoba hasta la cámara de audiencias adyacente y fue apuñalado 57 veces.

Se le retiraron las joyas y los finos ropajes al cadáver, que fue arrojado por la escalera principal cercana, actualmente en desuso.

[14]​ Siempre se ha mantenido que Rizzio está enterrado en Canongate Kirkyard, en Edimburgo; este hecho hubiera requerido la exhumación de un católico sin amistades vivas y su inhumación en un cementerio protestante 120 años tras su fallecimiento.

Por lo tanto, lo más probable es que su tumba se encuentre sin identificar en la abadía de Holyrood.