Se convirtió en un relevante centro administrativo al ser una fundación real y encontrarse cerca del castillo de Edimburgo.

Roberto I de Escocia convocó al parlamento en la abadía en 1326, y tres años más tarde ya se utilizaba como residencia real.

Además, Jacobo II nació en Holyrood en 1430, fue coronado, se casó y fue enterrado en el templo cristiano.

[1]​[2]​ Jacobo IV de Escocia construyó entre 1501 y 1505 un nuevo palacio gótico adyacente a la abadía.

La premura probablemente se debió al matrimonio del monarca con Margarita Tudor, que tuvo lugar en la abadía en agosto de 1503 mientras las obras continuaban.

[3]​ En 1512 se construyó una estancia para albergar una colección de animales exóticos del rey, incluyendo leones y civetas.

[2]​ En 1544, durante las guerras del Rough Wooing, Edward Seymour saqueó Edimburgo y Holyrood sufrió expolios e incendios.

[13]​ Tras la Restauración inglesa en 1660, el consejo privado fue restituido y volvieron a reunirse en Holyroodhouse.

La abadía se adaptó como capilla para la Orden del Cardo en 1687-88 gracias al arquitecto James Smith.

En 1691 la abadía fue sustituida por la parroquia de Canongate, donde asistía la reina Isabel II cuando residía en Holyrood.

[17]​ Mientras tanto, el deterioro prosiguió: la techumbre de la abadía colapsó en 1768, mostrando la apariencia actual.

Carlos, en aquel entonces conde de Artois, habitó en Holyrood desde 1796 hasta 1803, cuando se renovaron los apartamentos del rey.

En 1920 se designó como la residencia oficial del monarca en Escocia, donde comenzaron a celebrarse eventos y ceremonias.

[23]​ Como residencial oficial del monarca en Escocia, el palacio ha recibido a un gran número de dignatarios extranjeros como Harald V de Noruega en 1994,[25]​ Nelson Mandela en 1997[26]​ y el papa Benedicto XVI en 2010.

El proyecto se completó a finales de 2018 en colaboración con la Historic Environment Scotland.