Esta abadía (que se localiza en los terrenos del Palacio de Holyrood al cual precedió) fue construida en 1128 por orden del rey David I de Escocia.

Una leyenda relata que el rey David I tuvo dificultades cazando en los bosques y fue salvado por un ciervo con una cruz iluminada entre sus cuernos, al que le prometió construir una iglesia en ese lugar.

Según otra leyenda, en 1127, cuando el rey David I estaba cazando en los bosques cercanos a Edimburgo, se encontró de repente en peligro por la cornamenta de un ciervo.

En agradecimiento, hizo caballeros a los hermanos y fundó la Abadía de Holyrood el año siguiente.

En 1691, la Canongate Kirk remplazó a la abadía como iglesia parroquial local.