Aunque se esperaba que su famoso hermano menor, Enrique VIII, fuera la principal línea de descendencia real, en realidad son los herederos de Margarita los que se convirtieron en el linaje real.

Las hijas eran importantes activos políticos en un mundo donde la diplomacia y el matrimonio estaban estrechamente vinculados.

El heraldo, John Young, informó que "justas notables" siguieron a la ceremonia.

También se hicieron ropas para su acompañanta, Lady Catalina Gordon, la viuda de Perkin Warbeck.

En York, una placa conmemora el lugar exacto donde la reina de Escocia pasó por sus puertas.

Margarita Tudor tuvo varios embarazos, pero la mayoría de sus hijos murieron jóvenes o nacieron muertos.

En 1513, Jacobo IV invadió Inglaterra para honrar su compromiso con la Alianza Auld, solo para enfrentar la muerte y el desastre en la Batalla de Flodden.

Margarita se había opuesto a la guerra, pero de igual forma fue nombrada en el testamento real como regente del rey niño, Jacobo V, mientras permaneciera viuda.

En poco tiempo, un partido pro-francés se formó entre la nobleza, instando a que fuera reemplazada por Juan Estuardo, segundo duque de Albany, el pariente masculino más cercano al príncipe heredero, y ahora tercero en la línea de sucesión al trono.

Pese a esto, se considera que Margarita actuó con calma y con cierto grado de habilidad política.

Para julio de 1514, había logrado conciliar a las partes contendientes, y Escocia, junto con Francia, concluyeron la paz con Inglaterra ese mismo mes.

Esto ya era bastante malo; lo que era peor, había estado viviendo del dinero de su esposa.

En octubre de 1518, le escribió a su hermano, insinuando el divorcio:"Estoy muy preocupada con mi Señor Angus desde mi última visita a Escocia, y cada día más y más, por lo que no hemos estado juntos este medio año.

[13]​ Este fue un tema difícil para Enrique, un hombre de creencia conservadora y ortodoxa, que se oponía al divorcio por principios, lo cual fue muy irónico, considerando su posterior carrera matrimonial.

Albany, aparentemente sin prisa por regresar al frenético reino del norte, le sugirió que reanudara la regencia ella misma.

Margarita intentó resistir, pero se vio obligada a doblegarse ante las nuevas realidades políticas.

Además, para entonces su deseo de divorciarse se había vuelto obsesivo, prevaleciendo sobre todos los demás asuntos.

En agosto, el parlamento declaró finalizada la regencia, ya que Jacobo fue elevado a plenos poderes reales.

Debido a la situación política en Europa en ese momento, no fue hasta diciembre que se enteró de su buena fortuna.

[15]​[16]​ En junio de 1528, Jacobo V finalmente se libera del regente y comenzó a gobernar por derecho propio.

Jacobo nombró a Enrique Lord Methven, "por el gran amor que sentía por su madre más querida".

En una entrevista privada con el embajador inglés, William Howard, su decepción fue obvia: "Estoy cansada de Escocia", confesó.

Una vez más, estaba ansiosa por el divorcio, pero los procedimientos fueron frustrados por Jacobo, a quien creía que su esposo había sobornado.

En un momento se escapó hacia la frontera, solo para ser interceptada y llevada de vuelta a Edimburgo.

Esperaba que el rey le diera sus posesiones a su hija, Lady Margarita Douglas.