Durante la guerra de los Cien Años, desempeñó un importante papel en la guerra civil entre los borgoñones y los armagnacs.

Isabel de Baviera era hija del duque Esteban III de Baviera y de Tadea Visconti, quien era hija del duque de Milán, Bernabé Visconti, y de Beatrice Regina della Scala.

El matrimonio tuvo doce vástagos, siete hijas, dos de ellas llegaron a ser reinas de Inglaterra, y cinco hijos, de los cuales solo el penúltimo llegó a edad adulta y se coronó como Carlos VII: El rol y poder que adquirió Isabel la volvieron muy impopular entre los franceses.

La esquizofrenia que padecía su esposo le dio la oportunidad de acceder a la regencia, que quedó mediatizada por el enfrentamiento entre las facciones de Juan I de Borgoña y la de Luis de Valois, del que se dijo que era su amante.

En 1429, circuló en París un rumor acerca de que Carlos VII era hijo de Luis de Orleans, hermano de su padre, y que Juana de Arco sería hija de Isabel de Baviera y su cuñado, Luis de Orleans.