Su divisa en latín era Cum pudore laeta foecunditas, que en español significa Con modestia, gozosa fecundidad.

La pareja residió en un principio en el actual Palacio Medici Riccardi, trasladándose poco después al Palazzo Vecchio, mejorado y engrandecido para la ocasión.

Diez años después de la boda, el matrimonio se trasladó a su nueva residencia que compró Leonor, el Palacio Pitti.

Leonor de Toledo murió en Pisa, en 1562, lugar a donde se había trasladado en busca del ambiente costero, tratando así de aliviar la enfermedad pulmonar que sufría, y que finalmente acabó con su vida.

Su cuerpo fue trasladado a una tumba en la Basílica de San Lorenzo, en Florencia.