La joven pareja vivió durante sus primeros años de casados en Haderslev y Tørning.

En 1529, siendo ya príncipes herederos, fueron enviados a Noruega para ejercer como virreyes.

En 1534, su marido fue nombrado rey por la burguesía, evento que desencadenó una guerra civil.

Durante los años de guerra, Dorotea permaneció un tiempo en Holstein, pero finalmente tuvo que refugiarse con su familia en Alemania.

Ahí, siendo vecina de su cuñado Juan, comenzó una relación sentimental con éste —once años menor que ella— y planeó casarse por segunda ocasión; sin embargo, esa posibilidad fue rechazada por la iglesia y por una parte de la familia.