Es, junto con la iglesia de San Pedro, en Lovaina, Bélgica, los únicos templos que poseen título magistral.Para atender las aspiraciones al ministerio presbiteral, el obispado cuenta con dos centros de formación sacerdotal: La tradición ibérica atribuye la evangelización de Complutum a san Eugenio de Toledo; la primera comunidad cristiana se formó del testimonio y del martirio de los santos Justo y Pastor, según el Vetus Martyrologium Romanum recordados en la fecha del 6 agosto.[9] Asturio fue quien encontró las reliquias de los santos Justo y Pastor e hizo construir en el mismo lugar una iglesia, que es la actual catedral.[10] La diócesis sobrevivió a la invasión de los árabes, y están documentados obispos de Complutum (que mientras tanto había tomado el nombre árabe de Al-Qal'a, o sea, "fortaleza", del cual proviene el actual Alcalá), del siglo VIII al XI.Actualmente, los seminaristas estudian la licenciatura en teología en la Universidad Eclesiástica San Dámaso de Madrid.La diócesis cuenta con un grupo pop-rock de música católica llamado La Voz del Desierto que está formado por tres sacerdotes diocesanos y cuatro seglares.Esta agrupación musical nacida en 2004 ha dado conciertos por toda España, en Estados Unidos y en Panamá participando dos veces con su música en la Jornada Mundial de la Juventud.
