Conquista de la Nueva Granada

Este período data de 1525 a 1540, cuando se fundaron las últimas grandes ciudades del país.

Martín Fernández de Enciso en 1510 llegó al golfo de Urabá, donde fundó Santa María la Antigua del Darién, villa que duró poco, ya que nunca prosperó por su panda bahía, impenetrable selva, gran pluviosidad, altas temperaturas y fuerte humedad.

Estos factores climáticos desfavorables junto a la rivalidad entre españoles y la ausencia de interés en España por administrar estos territorios tan lejanos, hizo técnicamente imposible la intención de enviar colonos para poblar la zona.

En ese entonces se encontraba habitada por diversos grupos indígenas chibchas, entre ellos los cunas, que poblaban los alrededores del golfo de Urabá y el bajo Atrato, los choces o citarares que habitaban el alto Atrato, los noanamaes, ubicados en la hoya del río San Juan, y los baudes que poblaban la costa del Pacífico.

Parece que fue encontrada una inscripción en un árbol, en Cuba, donde decía: "Aquí falleció el desdichado Nicuesa".

Al igual que La Antigua del Darién, ya despoblada, San Sebastián de Urabá nuevamente es abandonado por sus moradores, que se vuelven a destinos más atractivos como Santo Domingo, o a la misma España, dejando injustamente manchados los nombres de Nicuesa y Ojeda.

A mediados del mismo año, funda en la Bahía de Gaira, la ciudad de Santa Marta, la primera ciudad, aún habitada, fundada en territorio colombiano por españoles.

Después de pernoctar por Santa Marta, Heredia continua su periplo al sur, y se encuentra con la desembocadura del Río Magdalena, que ya había sido visto antes por Bastidas, principal arteria fluvial de Colombia.

Pero aun así, no funda Cartagena en esa fecha de forma oficial, como algunos historiadores afirman.

Una india de los calamaríes, llamada Catalina, fue aprendiendo rudimentos del español, hasta defenderse con él.

Con la nueva intérprete, los indios Calamaríes aprovechan, decidiendo montar una emboscada a los invasores.

Marchando hacia Yurbaco, Heredia cruzó toda suerte de malezas.

Habiendo casi aniquilado a los Calamaríes en esa batalla, Heredia regresó a Calamarí, y ese primero de junio de 1533, tumbó la choza del jefe, y clavó una estaca con un letrero que rezaba "San Sebastián de Calamar", como recordatorio del primer día que llegaron a la zona, y los indios Calamaríes que la habitaron.

[12]​ Heredia se dedicó más bien a levantar las primeras edificaciones, enviando con el capellán que iba en su flota una petición a la Casa de Contratación para que enviaran monjes, albañiles, y otras provisiones para levantar la ciudad.

Finalmente, exploró la Isla de Barú, donde se encontró con los Bahaire, con ellos no tuvo una relación tan fluida, pero pudo evitar conflictos.

Entonces, fue acusado en el Consejo de Indias, autoridad Ejecutiva suprema en lo referente a las Américas españolas, de un homicidio, cosa que era mentira, y en el viaje a Sevilla, sede del Consejo, su barco se hundió.

Furioso, Jiménez de Quesada arremete contra los indios comenzando la guerra.

Quesada, cuyas intenciones no eran las de poblar, o fundar ciudades, se dedicó a buscar ansiosamente "El Dorado", aunque no tuvo éxito, dejando a la ciudad sin Alcalde ni Juez, aunque designó a Fray Domingo de las Casas como Prelado de la ciudad.

[15]​ Seguía corriendo el año 1537 y, desde Pasto, Belalcázar vuelve sobre sus pasos al norte, pasando por Popayán, Cali, y subiendo la Cordillera Central para llegar a las planicies del Tolima, donde se encuentra con los altivos Pijaos, con quienes tiene problemas, cruza el Río Magdalena, y comienza a subir al altiplano, pensando que la zona estaba deshabitada.

Así las cosas, Belalcázar vuelve y baja al río Magdalena, y al otro lado funda la Villa de Neiva (Neiva, Colombia) en el año 1539;[16]​ desde allí comienza a fundar pequeñas villas intermedias que más tarde se convertirían en enclaves de comercio terrestre.

[20]​ Las exploraciones de Federman no producen fundaciones pues su misión era meramente económica.

Llega cerca del Cabo de la Vela y funda Riohacha.

La expedición de Federmán trajo las primeras gallinas que se conocieron en estos territorios.

Por su parte Ambrosio Alfinger era un explorador también alemán, a quien se le atribuye ser el primero en pisar Colombia.