Una vez en la isla se instaló junto a su familia en la heredad que Alonso de Lugo había recibido en repartimiento en el fértil valle de Agaete.
[8] En 1493 se une a su padre como peón en la conquista de la isla de La Palma, y en 1494 le acompaña también durante su desastrosa primera entrada a Tenerife.
Durante este primer intento conquistador, los castellanos son completamente derrotados por los guanches en la célebre matanza de Acentejo.
Retirados a Gran Canaria, Pedro es entregado junto a su hermano Fernando como garantía por su padre a la señora de Lanzarote y Fuerteventura Inés Peraza, viuda de Diego García de Herrera, para recabar así su colaboración económica para sufragar un segundo desembarco.
[1][8] Su gobierno estuvo lleno de controversias, sufriendo un juicio de residencia en 1529 a manos del licenciado Pedro Fernández Reina, quien finalmente le devolvió la gobernación por orden regia en 1530.
Asimismo, intentó suprimir el oficio de síndico personero en Tenerife.