El recorrido dio comienzo en Panamá y tomó dirección Sur por el litoral colombiano, hasta el río San Juan, donde se autoproclamó gobernador nominal.

Después, ellos remontaron el río grande por veinte leguas, y allí se enfrentaron con muchos señores e indios, y los conquistaron, Fue entonces cuando llegó a su conocimiento la existencia del Imperio inca, en un territorio lejano denominado Birú o Pirú.

Sin embargo, la canoa en que iba Andagoya volcó en medio de fuertes vientos fríos, y el capitán fue arrojado al mar.

Dio a conocer sus descubrimientos, en particular la existencia de un territorio con enormes riquezas en oro y plata, el Perú.

Existen noticias de un cuarto asociado, el licenciado Espinosa, que no quiso figurar oficialmente y que habría sido el financiador principal de las expediciones hacia el Perú.