La primera directiva estuvo conformada por: Luis Santibáñez fue el primer entrenador del club, y lo acompañaron en el cuerpo técnico Buenaventura Sarria Vargas (ayudante técnico) Clodomiro Faguett (utilero) y Manuel Castillo (masajista).
El primer plantel fue conformado por los jugadores de la selección de fútbol amateur de Antofagasta integrado por: Nelson Flores Perines, Miguel Muñoz, Ernesto Jáuregui Jáuregui, Leonardo Carvajal, Buddy van Gurp, Gregorio Silva Muñoz, Pedro Silva Muñoz, Lautaro Encalada San Román, Leonardo Calvimonte, Juan Páez Tirado, Mario Páez Tirado, Luis Páez Tirado, Rodolfo Muñoz Vásquez, Juan Rojas Veas, Mario Terrazas, Benjamín Sarria Vargas, Nelson Sarria Olmos, Pedro Klaric Radman, David Barraza Campos, Marcelino Aracena, Ángel Pérez de la Paz y Juan Pozo Pozo, entre otros.
El único gol fue marcado a los 33 minutos de la segunda parte del encuentro, por el mítico atacante paraguayo Juan Pelayo Ayala, en lo que hoy se conoce como 'El Quillotazo' por parte de la hinchada del club.
Tras varios buenos resultados, deja el cargo abruptamente, cuando no aceptó que ciertos dirigentes se inmiscuyeran en los asuntos técnicos, al contratarle unos "paquetes" e intentar imponérselos como titulares.
En el mismo año y tras la salida de Siviero, llega como Director Técnico Hugo Solís.
Deportes Antofagasta, desde 1998 hasta el año 2005, juega en la Primera División B, llevando además diversos problemas dirigenciales y de deudas.
Se destaca en el equipo de aquel año el goleador Carlos Cáceres, quien fue el máximo anotador del torneo.
Su rival fue Universidad Católica, perdiendo aquel partido en el Estadio San Carlos de Apoquindo.
En este torneo obtiene el segundo lugar, destacando un récord de imbatibilidad del portero Luis Godoy, que no recibió un gol en 924 minutos.
El 2 de noviembre, Unión Española y la Universidad de Concepción (rivales directos en la tabla ponderada) lograron sumar puntos, mientras Deportes Antofagasta tenía fecha libre, concretándose así el descenso directo del club.
Elizondo se ganó el cariño de la hinchada antofagastina, que aún lo recuerda.
Debido a los malos resultados al inicio del Torneo de Clausura 2014 y por petición de los hinchas del club, Gustavo Huerta deja la dirección técnica, quedando en su cargo su ayudante Jaime Muñoz.
Aunque Vera venía con un buen currículum, no pudo obtener los resultados esperados, teniendo a los pumas en el penúltimo lugar, por lo cual deja el club y asume en forma interina el exjugador puma Sergio Marchant, técnico de las divisiones inferiores.
El partido de vuelta jugado en el Regional Calvo y Bascuñán termina en empate 1-1, logrando el pase para los antofagastinos a la siguiente fase.
Con torneo respecto a la liga local, en el Transición 2017 Antofagasta también fue protagonista, peleando durante la mayor parte del torneo los primeros lugares con gran desempeño de su técnico Larcamón, logrando terminar algunas fechas en el segundo o tercer puesto, algo antes nunca visto.
Además de mantenerse invicto durante las primeras 8 fechas, que junto a la mencionada actuación en la Copa Chile 2017, posicionaron al elenco antofagastino como el único equipo invicto en el semestre, considerando ambos torneos por seis meses consecutivos.
A inicios de la temporada 2018, llega al cuerpo técnico el entrenador argentino Gerardo Ameli.
En su reemplazo llega Eduard Bello desde el Carabobo de Venezuela, transformándose en pocas fechas en el goleador y figura del club, como también otros fichajes entre los cuales se encontraban Rodrigo Contreras y Michael Lepe.
Sin embargo, coronó la temporada con un histórico 4.º lugar, la mejor posición conseguida en toda la historia del club, obteniendo así el paso directo a la próxima Copa Sudamericana 2019.
[4] Dentro de esta histórica campaña se destacan encuentros donde el equipo mostró una gran determinación por sacar adelante el resultado, tales como remontadas agónicas frente a Deportes Iquique, O'Higgins, Deportes Temuco, Everton de Viña del Mar, Curicó Unido y sobre todo, la más recordada frente a Colo-Colo en el Estadio Monumental, donde el equipo Puma perdía en la primera parte por 3-1 para terminar ganando en el complemento por 4-3 con dobletes de Flavio Ciampichetti y Eduard Bello, dejando al equipo albo sin posibilidades de ganar el torneo así como a su vez pavimentar el camino del cuadro nortino como un claro candidato para levantar la copa.
En esta temporada destacaron nombres como los del arquero Paulo Garcés, Tomás Astaburuaga, Bruno Romo, Jason Flores, Gabriel Sandoval, Eduard Bello y Augusto Barrios, este último siendo nominado por Reinaldo Rueda a la selección de fútbol de Chile por su buen rendimiento durante la temporada.
Así como también el llanero Eduard Bello también sería nominado por Rafael Dudamel para hacer su debut en la Selección adulta de Venezuela en compromisos válidos por fecha FIFA.
[6] Sin embargo, en el partido de vuelta jugado el 21 de marzo, los Pumas cayeron por dos goles a uno, con gol convertido por Jason Flores y nuevamente con Hurtado como figura, quien contuvo un penal a Luciano, despidiéndose así del certamen continental.
En la temporada 2022 Deportes Antofagasta regreso a Primera B luego de un invicto de 11 años en la Primera División, quedando en el puesto 16 descendiendo junto a La Serena con 26 puntos y tan solo 6 partidos victoriosos.
El sencillo incluyó en su cara «B» la Cumbia del A.P., escrita por el guitarrista antofagastino Juan Calíbar.
El primer escudo del club, como Antofagasta Portuario, consistía en un ancla de color azul (por el ancla que da su nombre al cerro homónimo) cubierta por un motivo circular rojo con detalles y una letra «A» blancos.
El origen de los colores representativos de Deportes Antofagasta se debe a los colores celeste y blanco del Britania F. C., que representó a la ciudad en un campeonato en 1912, el cual ganó y repitió su logro el año siguiente.
Estos colores fueron adoptados por el seleccionado amateur de la ciudad, y luego por Antofagasta Portuario en su fundación en 1966.
En el año 2007 la municipalidad decidió demoler una de las galerías para construir un escenario para espectáculos quedando su capacidad en 26.339 espectadores aproximadamente.