Llegaron en octubre de 1998 para dirigir la selección absoluta de Argentina, en la cual logró romper todos los registros en goles anotados, goles recibidos y partidos ganados, por lo cual en el 2001 fue catalogado como el seleccionador nacional del mundo, posteriormente después de clasificar de primero en la eliminatoria, Argentina quedó eliminado en la fase de grupos tras ganar a Nigeria, perder ante Inglaterra y empatar con Suecia, pero aun así el cuerpo técnico fue ratificado en su cargo.

En el 2004 Bielsa asistido por Torrente llevó a Argentina a la final de la Copa América en Perú, donde cayeron 4-2 en penales contra Brasil, meses después se coronó campeón en los juegos Olímpicos en 2004 ganando todos los partidos, Posteriormente en el 2006 en plena eliminatoria Marcelo Bielsa decide renunciar a la selección Argentina por problemas personales, hasta aquí llegaba Torrente como asistente técnico del Loco Bielsa.

Quería revancha, pero en el segundo semestre fue el Nacional quien se atravesó en el camino, en la última fecha, Libertad y Nacional llegaban igualados con 40 puntos, Nacional rescataba un empate de local, mientras Libertad cayó 1-0 ante Tacuary, relegando de nuevo un subcampeonato para Torrente que veía como se le escurría el título entre las manos, Torrente ganó 12 partidos, empató 4 y perdió 6 para un rendimiento del 60%.

Para el segundo semestre del 2011 las cosas no iban a cambiar mucho, en 9 partidos jugados, sólo obtuvo una victoria, sumando además 6 empates y dos derrotas los que desencadenó su renuncia a finales de septiembre del 2011.

[6]​ En enero de 2012 regresa a Paraguay, pero esta vez para dirigir a Nacional[7]​ sin mucha suerte, el técnico quedó eliminado en fase de grupos de la Copa Libertadores y se encontraba a 11 puntos del líder en el rentado local, ubicado en la tercera casilla, por lo cual decidió renunciar a mediados de abril ya que no se cumplieron los objetivos.

[10]​ Después de 6 años donde dirigió 6 equipos distintos, decide hacer una pausa en su carrera y en el 2013 se lanza a la política aspirando ser concejal en su ciudad natal,[11]​ algo que no prosperó.

Mientras que Javier Torrente intentaba hacerse un lugar en el fútbol suramericano, su mentor Marcelo Bielsa se llenaba de victorias haciendo historia en la selección chilena jugando el mundial del 2010 dejando una grata presentación, luego pasó al Athletic Club donde consiguió llegar a dos finales, Copa del Rey y Europa League, pero perdió la final a manos de Barcelona y Atlético de Madrid.

Javier Torrente había reclamado un supuesto penalti para su equipo, y el juez central lo mandó a las graderías.

El argentino encaró a Sánchez y tras ser expulsado estalló con una violenta reacción, en la que lanzó patadas, empujó al cuarto árbitro y hasta se quitó la acreditación de Dimayor para arrojarla al suelo.