Solo medio año después, en febrero de 2013, el club decidió ponerle de entrenador del primer equipo a San José debido al buen trabajo que estaba completando con el equipo filial del club saudí.

Los comienzos, además, no fueron sencillos, porque el Al-Ittihad se encontraba en la medianía de la tabla, un puesto al que sus aficionados no están acostumbrados dado que se trata del club más laureado del país árabe.

Al final de temporada consiguió el objetivo de la permanencia en Primera División y además logró clasificarse a la liguilla por un cupo para disputar la Copa Sudamericana, siendo la mejor temporada en la historia del Club.

[3]​ Beñat llegó al Bolívar en medio a una crisis futbolística e institucional.

A su vez salió elegido por varios medios locales e internacionales como el mejor Director Técnico en dos ocasiones.

Lograron el título en 2018, siendo punteros todo el campeonato con la defensa menos batida y coronaron su buen trabajo al ser elegido por la ANFP como el mejor Director Técnico.

[7]​ En la primera campaña el equipo estaba en la posición 13° y a tres puntos de igualar la mejor puntuación histórica del club, cuando se suspendió la competición por la pandemia.