Esta denominación habría sido escogida en virtud del lugar de fundación (la calle Libertad).
En aquella sección, entre otros rivales conocidos y nuevos, se enfrentó el 13 de abril ante un debutante Huracán, cayendo por 1 a 0.
[2] Ese mismo año, militando en Intermedia, logró el ascenso a Primera División de la Asociación Argentina de Football[6] y en 1920 disputó su primer torneo en Primera, logrando la séptima posición y siendo el campeón Boca Juniors.
En 1921 la Selección Argentina se consagró Campeón Sudamericano, destacándose su arquero Américo Tesoriere, que terminó con la valla invicta.
Luego los jugadores del Xeneize solucionaron sus problemas con la dirigencia y retornaron al club.
En 1922, la institución disidente se afilió a la Asociación Amateurs de Football, compitiendo en División Intermedia desde 1923 hasta 1924.
En 1923 el club se había mudado a una cancha ubicada entre las calles Teodoro García, Giribone, Palpa y Charlone, en el barrio de Colegiales.
[2][9] Dos años más tarde, en 1925, culmina la escisión y el club resolvió cambiar su denominación por la de Colegiales, adoptando sus nuevos colores: azul, marrón (el que muy pronto mudará al rojo) y oro,[10] que perduran hasta nuestros días.
Se cree que los nuevos colores estuvieron inspirados en la bandera de la Segunda República Española, roja, amarilla y morada.
En 1929 participó en la Sección Impar, clasificando octavo detrás de Gimnasia, River, Racing, Lanús, Almagro, Talleres y El Porvenir.
Ya se había mudado del barrio que le dio su nombre definitivo recalando, luego de jugar por un año en el estadio del Club Porteño,[6] en Fraga y Estomba, también de la Capital Federal, terreno en el que luego jugaría Almagro,[2] para poco después mudarse a Villa Martelli.
[2][6] En 1944 descendió a Tercera, división en la que se clasificó segundo en 1945 y 1946, hasta que finalmente en 1947 logró el campeonato invicto,[2] con 77 goles a favor (más de tres por partido en promedio) y sólo 23 en contra.
Fue así que en marzo del año 2000 asume como interventor normalizador Juan Carlos Andlovec, un funcionario perteneciente al círculo cercano al Intendente de Vicente López, Enrique García, que brindó toda la ayuda necesaria para que la Comisión de Apoyo (integrada por miembros de dicha Agrupación) pudiera trabajar tranquila y poner el club en marcha.
Al año siguiente el equipo no repitió la buena performance del torneo anterior.
En el año 2001, el club salió de la intervención y volvió a tener una comisión directiva elegida por elecciones.
Con incorporaciones de renombre para la categoría como Oscar Alfonso Ayala, Javier Molina, Martín Ungaretti y Alberto Meinecke entre otros, el equipo salió subcampeón invicto del torneo Apertura 2001.
Pero falló en la final con Deportivo Laferrere y desperdició la posibilidad de retornar a la tercera categoría.
La temporada 2003/04 había arrancado de manera muy auspiciosa para el Tricolor que finalizó el Torneo Apertura en las primeras ubicaciones.
Esta quita de puntos provocó la renuncia del entonces presidente Ricardo Cichero siendo reemplazado por Oscar Bossus en el cargo.
Durante la temporada 2010/11, Leonardo Ramos dejó su cargo, asumiendo Atlio Svampa (coordinador de las divisiones inferiores e infantiles del club) en su reemplazo.
A pesar de ello, en la misma temporada, la 2011/12 , el conjunto dirigido por Atilio Svampa consiguió un histórico subcampeonato.
Desafortunadamente, posteriormente quedaría eliminado del Torneo Reducido frente a Acassuso en la primera ronda.
Ya para el campeonato de la temporada 2016/17, el equipo tendría una racha negativa en las primeras fechas con 5 partidos sin ganar.
Jugaría las semifinales del mismo contra San Telmo cayendo con un resultado global de 2 a 1.
En el Clausura, luego de una gran campaña, perdió en la última fecha frente a Sacachispas.
Colegiales debió anexarse en las semifinales del Reducido venciendo por penales a Los Andes para jugar la 2.ª.
Nuevamente Colegiales falló en la definición y finalmente el "Lila" consiguió el ascenso a la 2.ª categoría del futbol argentino.
Siendo el mejor equipo del campeonato, logró acceder a la final tras ganar el Torneo Clausura.
Su estadio se encontraba en la manzana comprendida por las calles Giribone, Palpa, Charlone y Teodoro García.
Allí se instala hasta el año 1944[14] en un terreno delimitado por las calles Perú, Carlos Francisco Melo, Bolivia y Avenida Central (hoy Doctor Antonio Cetrángolo).