Godoy emigra a Calama en el año 1994 a la edad de 15 años, donde queda en las categorías inferiores de Cobreloa.
Comenzó su carrera jugando para Cobreloa el año 1994 y se mantuvo hasta el 2001.
En ese año, logra un récord histórico en la Primera B al estar 924 minutos sin recibir un gol,[1] se mantiene hasta el año 2006.
A principios del año 2008 firmó contrato con Cobresal.
En 2014 anuncia su retiro del fútbol tras no renovar su contrato con Deportes Antofagasta.