Durante el virreinato, la Iglesia fue la principal encargada de la educación, especialmente los jesuitas.
Esta tuvo un papel medular en el desarrollo científico y tecnológico de la Nueva España, ya que en esa época fue la institución educativa más importante.
Por mucho tiempo la medicina y la cirugía se habían mantenido como disciplinas separadas, siendo considerada la segunda como una actividad inferior.
Pocos años después de la conquista, comenzaron a explotarse las minas que los españoles habían descubierto.
Al principio, usaron los métodos de extracción desarrollados por los indígenas, los cuales se llevaban a cabo en pequeños hornos perforados y calentados con leña o carbón vegetal.
En el siglo XVIII, la minería y la metalurgia no tuvieron cambios significativos.
Aunque los métodos no evolucionaron, la cantidad de plata extraída incrementó profusamente.
El seminario tuvo entre sus maestros a destacados científicos españoles, como Andrés Manuel del Río, Federico Sonneschmidt, Luis Lindner y Fausto de Elhuyar.
La geología se enriqueció gracias a las investigaciones mineralógicas realizadas en el Real Seminario de Minería.
Los estudios de Cosmología adquirieron gran importancia en la Nueva España, principalmente como herramienta para la navegación.
Esta querella se debió a la idea del carácter maléfico de los cometas.
Tal fue el caso de las aguas termales, las plantas medicinales y los fenómenos meteorológicos.
Los científicos jesuitas intentaron una conciliación entre la física moderna y el pensamiento aristotélico, acto que permaneció aún al principio del siglo XVIII.
En el siglo XVIII, el interés por los fenómenos físicos y su comprobación experimental se manifestó en uno de los textos científicos más importantes: Elementa recentioris philosophiae, escrito por Juan Benito Díaz de Gamarra y Dávalos.
En este siglo, los aparatos inventados en Europa pronto llegaron a la Nueva España, aunque su utilización tardó en popularizarse.
La carta general de la Nueva España, levantada por Sigüenza hacia fines del siglo XVII, no fue superada sino hasta fines del siglo XVIII por la de Antonio Alzate.
La cartografía del siglo XVI no permitía señalar con precisión las posiciones de los diferentes lugares.
Este último elaboró más de treinta mapas, participó en más de 40 expediciones por la Baja California, Sonora, Sinaloa y Arizona, y demostró que Baja California era una península, no una isla como hasta entonces se pensó.
Obtuvo en 1799 permiso para embarcarse con rumbo a las colonias españolas de América del Sur y Centroamérica.
Él escribió además libros religiosos y tradujo las Cartas Provinciales de Pascal.
La tarea de los bibliógrafos en el siglo XVIII tendió a inventariar la riqueza intelectual producida en la Nueva España.
Alzate formó una excelente biblioteca, un museo de historia natural y antigüedades del país.
El primer trabajo enciclopédico en torno a la flora y fauna novohispanas, se debió al Dr.
Francisco Hernández, quien llegó a la Nueva España en 1570 comisionado por Felipe II para estudiar los vegetales, los animales y los minerales de esta tierra.
En 1787 arribó a la Nueva España una comisión encargada por Carlos III cuya misión era explorar científicamente toda la América septentrional española.