Entre sus alumnos está Orestes (Oscar Isaac) y Sinesio (Rupert Evans).
Orestes -que llegará a ser el Prefecto romano en Alejandría- también se enamora de la hermosa y cautivadora maestra, pretendiéndola en matrimonio.
La violencia crece sin control y la venganza se adueña de Alejandría.
Desde Roma el Emperador proclama la inmediata expulsión del recinto de sus moradores legitimando a los cristianos.
La situación es desesperada, atrapada tras los muros la astrónoma Hipatia lucha por salvar los pergaminos que guardan la sabiduría del mundo antiguo.
Davo es manumitido por su ama Hipatia que huye acongojada junto a sus discípulos y los patricios.
Los seguidores del obispo buscan por las calles tumultuosas de Alejandría a Hipatia para ejecutarla.
Amenábar después de leer Cosmos, estudió figuras históricas de la astronomía como Ptolomeo, Copérnico, Johannes Kepler y Galileo, pero se encontró muy interesado en la historia de Hipatia, una astrónoma griega del siglo IV cuya historia, sentía, estaba siendo relevante en el siglo XXI: "Nos dimos cuenta que este momento en particular en el mundo tuvo muchas conexiones con nuestra realidad contemporánea.
"[6] En la elaboración del guion y la película participaron como asesores: Fernando Bovaira es el productor ejecutivo.
La película tuvo también una primera versión del cartel anunciador distinta a la final.
Los principales escenarios de esta producción se encuentran en el Fuerte Ricasoli; otras localizaciones están en Mdina, La Valeta y Marsaxlokk.
Christopher Haas, de la Universidad Johns Hopkins, concluye que, con las fuentes de las que actualmente disponemos, «jamás sabremos si el propio Cirilo orquestó el ataque, o si, al igual que en la agresión contra Orestes, ciertos partidarios se decidieron unilateralmente a luchar en favor del patriarcado».
[22] María Dzielska apunta, sin embargo, que, incluso si el crimen sucedió a sus espaldas, Cirilo debe ser considerado responsable en gran medida, por ser el instigador de la campaña contra la filósofa, como medio de combatir al prefecto imperial y su facción política, contraria a los excesos del Patriarcado.
[24] El Observatorio Antidifamación Religiosa protestó contra la película por "promover el odio a los cristianos y el refuerzo de falsos tópicos sobre la Iglesia Católica".
[28][29] La película en un principio tuvo problemas para encontrar distribuidores en Estados Unidos y en Italia,[29][30] posiblemente por la crítica que señala en relación con la Iglesia Católica, aunque finalmente encontró distribuidores en ambos países.
[33] El estreno de la película se extiende durante los años 2009 y 2010 por distintos países del mundo.