Según la tradición cristiana, Marcos el Evangelista habría sido enviado a esta ciudad por los apóstoles Pedro y Pablo cerca del año 43, durante la época del emperador romano Claudio.
En 62 Marcos habría nombrado al obispo Aniano, dejando la ciudad para viajar a Roma a reunirse con Pedro y más tarde habría predicado en el noreste de Italia, en Aquileia y Rávena.
Parece que regresó a Alejandría, alrededor del año 64, pero después de esta fecha no hay información más confiable sobre él.
En tiempos de las persecuciones romanas, una motivación extra para la conversión era la oposición al dominio romano establecido recientemente en el siglo I a. C., que había sometido a la población egipcia a una escasa minoría dirigente de origen grecorromano.
En 358 incluso el obispo de Roma Liberio se vio obligado a condenar al metropolitano egipcio, pero en 362 fue restablecida la ortodoxia.
En el Concilio de Calcedonia se condenó al patriarca Dióscoro I de Alejandría por sostener la doctrina miafisita, por lo que fue depuesto y desterrado por el emperador Teodosio II.
Posteriormente se sucedieron patriarcas miafisitas y calcedonianos hasta que a partir de 536 hubo en Alejandría un patriarca melquita calcedoniano y un patriarca copto miafisita que dieron origen a la Iglesia ortodoxa de Alejandría y a la Iglesia ortodoxa copta respectivamente.
En 642 se produjo la conquista árabe musulmana de Alejandría, que quedó fuera del Imperio bizantino.