Desde el retorno a la democracia en 1983, una serie de crisis económicas produjeron despidos masivos en las principales empresas empleadoras provinciales, entre ellas el ingenio Ledesma y la mina Aguilar.Con la presidencia de Carlos Menem, el país comenzó a adoptar las directivas del Fondo Monetario Internacional que dictaban que incluían, entre otros ítems, despidos y recortes salariales a los empleados estatales.[16] En 1999, las dos opciones en pugna para dar nombre a la organización fueron las de Che Guevara y Túpac Amaru, y a través de una decisión asamblearia ganó la designación del nombre del rebelde indígena «porque consideraron que tenía más que ver con el contexto local».Esta agrupación indigenista tiene como modelo político a Evo Morales, expresidente de la República de Bolivia y es considerada la única organización social que capta políticamente a las comunidades indígenas.Además cuenta con espacios recreativos donde se practican deportes y pueden encontrarse pintadas con consignas que transmiten mensajes educativos ("Sí al deporte, no a la droga") y políticos ("Compañero: tu patrón no comerá de tu pobreza", "En un país lleno de trigo no puede haber niños sin la ternura del pan").[22][21] La organización presenta una dirigencia mixta con un claro protagonismo de mujeres jóvenes, representado por Milagro Sala y su círculo íntimo.[21] Un número significativo de los obreros fueron y son mujeres, gran parte de las cuales no habían tenido hasta el ingreso a la Túpac Amaru experiencia previa en albañilería, herrería y construcción.Por otro lado, es relevante señalar la participación de las mujeres ocupando un rol, no solo como constructoras u obreras,[nota 2] sino también como presidentas de cooperativas y encargadas de obras, cargos jerárquicos pocas veces alcanzados por mujeres en el ámbito laboral, en la acción sindical, y en el trabajo popular y comunitario.La organización toma el ejemplo del Estado Plurinacional de Bolivia e incorpora simbología indígena.Asimismo, se adoptaron elementos de la arquitectura y la construcción del espacio.[30] Asimismo, la organización creó diferentes mecanismos para que sus militantes puedan conocer sus orígenes, entre ellos se encuentra la incorporación de la materia “Pueblos Originarios” en la currícula del nivel secundario de los establecimientos educativos a su cargo, esta materia no está en el programa oficial.Estas ceremonias refuerzan las vinculaciones de la Túpac Amaru con diferentes grupos étnicos, como mapuches, guaraníes, kollas, qom, lules vilelas, diaguitas, entre otros.Las instituciones dedicadas a la educación vinculadas con la organización son de gestión social.[36] La organización creó la escuela primaria «Bartolina Sisa» en el que se reúnen nivel inicial y los siete años de educación primaria que funcionan también a contra-turno con talleres de carpintería, técnicas agropecuarias, artes, deportes, danzas e informática –casi todas estas actividades llevadas a cabo en el Centro Cultural Túpac Amaru ubicado en el barrio de Alto Comedero–.Ofrecen consultorios de medicina clínica, oftalmología, odontología, pediatría, traumatología, otorrinolaringología, ginecología, cardiología, kinesiología, fisioterapia y masoterapia, entre otras especialidades.[38][44] Desde la organización reconocen haber erigido el primer Centro Integral Comunitario (CIC) de la Argentina, construido en 45 días.[45] En el barrio Túpac Amaru se encuentra el CEMIR (Centro Modelo Integral de Rehabilitación) “Sergio Chorolque”, para personas discapacitadas que fue construido en cuatro meses.El edificio es gratuito y abierto a la comunidad, allí son derivados pacientes de los hospitales provinciales.Está inspirado en un centro con las mismas funciones en La Habana y el plano de aquel edificio fue replicado.[20] Se establecieron seis fábricas con fondos del Ministerio de Desarrollo Social que emplean a 600 ex desocupados.Esta puerta apunta al Este, calculando el alba en dirección a las serranías de Zapla.[48] Realizan el mantenimiento de los edificios públicos y escuelas como cooperativa social.Según Página 12 en la misma auditoría se destacó que la organización realizó las obras íntegras «no obstante quedar un saldo impago» y que las mismas se realizaron con 32 operarios en lugar de 16, para dar trabajo “a mayor cantidad de gente”.[38] Todos los años se celebra el Inti Raymi, ceremonia en honor al Dios Sol, presidida por la Mama Killa, quien, junto con Milagro Sala, los amautas, hijos, amigos y presentes, realizan las ofrendas.«El vínculo con el kirchnerismo es leído por la organización, por un lado, en términos instrumentales (en tanto posibilitador de nuevos recursos) y por otro lado, como construcción estratégica, entendiendo al estado como un espacio de resistencia y construcción política.[74] El senador Gerardo Morales afirmó que se habría tratado de un «enfrentamiento entre mafias».[79] Hacia finales de 2016, personas no identificadas provocaron destrozos y saquearon las instalaciones del polideportivo y del parque acuático que la organización había construido en Ledesma,[80] e incendios en el polideportivo de San Pedro.[87][88][89] El gobernador, Gerardo Morales, suspendió la personería jurídica de la organización mediante un decreto aludiendo a que las protestas «constituyeron un desvió al objeto social perseguido por estas asociaciones, porque han violado sus estatutos mediante actos perpetrados por sus autoridades y sus integrantes».Según reveló una alta fuente del ejecutivo provincial arrepentida planean "encontrar" dólares dentro de un pozo ubicado en la sede de la Túpac Amaru, que habitualmente se utiliza para realizar ceremonias indígenas.[95] Según la denuncia "distintos punteros políticos radicales afines a Morales retiraron dinero del Banco Columbia".
