El proyecto fue concluido en 1999, al ser sustituido por el Mercedes-Benz CLR, un prototipo de Le Mans.
Todos los ejemplares del CLK GTR estaban fabricados para conducir por la derecha (con el volante a la izquierda), excepto uno fabricado exclusivamente para el Sultán de Brunéi Hassanal Bolkiah.
128 días después del boceto en papel, el primer CLK GTR estaba listo y fue puesto a prueba en un circuito español antes de recibir luz verde.
El alerón trasero también se reemplazó por uno diferente, de aspecto similar al utilizado en las carreras CLK-GTR.
El motor finalmente falló debido a problemas de presión del aceite, pero Mercedes-Benz rechazó hacer alguna reparación y alegó que no podía reembolsar el automóvil.
[8] HWA AG también construyó dos unidades de una nueva variante, conocida como "CLK GTR Super Sport".
Estos automóviles eran similares a los originales CLK GTR, aunque con el motor V12 de 7291 cm³ (7,3 litros) con una potencia máxima de 720 CV (710 HP; 530 kW) a las 6700 rpm del nuevo Mercedes-AMG,[9] el cual estaba siendo utilizado en el superdeportivo Pagani Zonda S y F y en el Mercedes-Benz SL73 AMG.