Durante la conquista obtendrá las primeras victorias sobre los aborígenes, pero pronto se verá envuelto en varias disputas con otros líderes conquistadores hasta que finalmente muere en las islas a consecuencia de dichos enfrentamientos.
Pocos datos se conocen sobre Juan Rejón anteriores a sus hechos en Canarias.
Este no solo no aceptó, sino que incluso amenazó a Rejón y a Algaba con degollar, teniendo estos que refugiarse en el convento de San Pablo.
[17][18] Pocos días después de su llegada, mientras aún están fortificando el real, Rejón y los suyos son atacados por el rey o guanarteme de Telde y el caudillo o guaire Adargoma con quinientos canarios, librándose la batalla del Guiniguada.
Ante esto y las bajas sufridas, los canarios se retiran al interior de la isla.
[21] Al poco tiempo surgen desavenencias entre los partidarios de Rejón y los del deán Bermúdez, creándose dos bandos en el real.
Rejón inicia entonces un proceso contra Algaba, acusándolo de alta traición, del que resulta muerto el gobernador y desterrados Bermúdez y sus partidarios a La Gomera.
El nuevo gobernador, sabiendo lo ocurrido con Algaba, manda arrestar a Rejón y lo procesa, enviándolo ante los reyes.
Pedro de Vera rehúsa dejarlos desembarcar, y, tras ser persuadido Rejón por su cuñado Alonso Jáimez, siguieron rumbo a La Palma.
[32] Rejón desembarca en la isla con su familia y pocos hombres, siendo bien recibido por los gomeros.
Sin embargo, el señor de la isla Hernán Peraza el Joven, hijo de Diego de Herrera con quien Rejón se había enemistado en Lanzarote años atrás, envía a varios vasallos para prender a Rejón y traerlo a su presencia.
Rejón se niega, enfrentándose los bandos y siendo muerto el capitán conquistador al ser atravesado por una lanza.
En Lanzarote se localiza en Arrecife, en Fuerteventura en Puerto del Rosario y en La Gomera en Valle Gran Rey.