La arquitectura presenta diversas intervenciones desde 1950, conservando zonas originales que se remontan al siglo XVI.

El patio, que tiene un brocal de pozo gótico, adquiere mayor importancia por su valiosa arquería renacentista, procedente del desaparecido convento de Santo Domingo, destruido por los ataques del corsario holandés Pieter van der Does en el siglo XVI.

[4]​ Los fondos del Museo se articulan en cinco áreas temáticas: Los avances tecnológicos y la nueva mentalidad del hombre renacentista, contribuirán a la búsqueda de nuevas rutas que van a potenciar el salto del Atlántico y por consiguiente el Descubrimiento de un Nuevo Mundo.

Aquí van a recalar todas las expediciones para avituallarse antes de cruzar el Atlántico.

En la cripta podemos contemplar paneles informativos sobre el poblamiento americano, áreas culturales, los pueblos de la América Precolombina, así como material etnográfico contemporáneo, todo ello apoyado en tres colecciones: La sala destinada a Gran Canaria exhibe una maqueta a escala de la isla, acompañada de cartografía histórica del Archipiélago, permitiendo al visitante ubicar la ciudad en su entorno geográfico.

Del siglo XVI, destacan las cuatro tablas flamencas, cuya procedencia nos remite al floreciente comercio del azúcar, que el archipiélago mantuvo en este periodo con Flandes.

Para ello organiza exposiciones temporales, normalmente temáticas, y actuaciones tales como: visitas guiadas, talleres pedagógicos, maletas didácticas, cursos formativos, cuadernos educativos y material para docentes.

Bajo la dirección de Francisco Morales Padrón, se han celebrado hasta la actualidad ininterrumpidamente desde 1976.

Comenzó sus actividades en 1962, con el catedrático Manuel Alvar como director y con Alfonso Armas Ayala como secretario.