Como asistente de Córdoba le fue encargado pacificar continuas luchas entre bandos y consolidar la autoridad isabelina tanto en esa ciudad como en sus tierras.

No se sabe exactamente donde nació Diego de Merlo, pero parece que fue por las tierras zamoranas de Toro, a las que alude en su testamento.

Por otro lado, en referencia a la "Buena Viuda de Merlo", al cuidado de la cual, los Reyes Católicos dejaron a las infantas, hay que señalar que no queremos decir que los hechos no sean ciertos, pues efectivamente Sus Majestades pasaron por allí y probablemente se alojaron en la casa de una señora llamada la Buena Viuda de Merlo y posiblemente dejaron allí a las Infantas menores (recordemos que las Infantas nacieron en 1479, 1482 y 1485).

En estos hechos de armas se señaló por sus dotes y heroísmo.

Se reunieron hasta cuatro mil infantes y tres mil de a caballo; se dirigieron de noche y con el mayor silencio contra el enemigo, llegando a los muros de Alhama, y se ordenó el asalto del castillo.

Nada era ya inexpugnable y este hecho de armas lo puso tan de manifiesto, que logró aterrar a todo el reino y hasta al mismo Muley Hacén, que al pronto no supo sino dictar órdenes vagas y de tristes resultados.

[13]​ Carta dirigida por los conquistadores de Alhama a varias ciudades y caballeros solicitando corriesen en su auxilio: «Señores: sabed que á servicio de Nuestro Señor el cerco á que venimos de esta ciudad de Alhama se hizo muy bien como cumplía á servicio de Dios y de los Reyes nuestros Señores, y á nuestra honra, que el Jueves al alva se escaló la fortaleza é nos apoderamos en ella é luego comenzaron algunos á salir por la villa é como no salieran con concierto no se pudo apoderar luego por la mañana fasta que se ordenó la gente, é por la fortaleza salió gran parte della á la villa é por un portillo, que se fizo en el muro de la otra parte de dicha fortaleza entró así mesmo gente é como quier que los moros pelearon bien en las torres é barreras que habían fecho por las calles se apoderó de la dicha cibdad é murieron asaz moros é algunos caballeros cristianos é otra gente que ovo feridos.

E vuestra venida sea al puerto de Zafarralla porque allí nos juntemos: é tomado el puerto por vosotros avisadnos con vuestros peones por dos partes cuando sereis en el puerto el dia y á la hora porque á aquella misma nosotros seremos allí é Nuestro Señor guarde vuestras muy virtuosas personas y es todos.

— Y si por ocupacion alguna no podéis llegar oy aqui con dos ó tres de á caballo mandadme avisar porque se pasa el tiempo é gasta la vianda.» El original de esta carta obraba en poder del historiador Bernardo Aldrete, que la copia en sus "Antigüedades de España".

A finales de 1480, al enterarse de que su padre y otros banqueros, mercaderes y funcionarios judíos y conversos de Sevilla, Carmona y Utrera, estaban tramando una conspiración —reacción contra la presión a la que estaba siendo sometida la comunidad conversa por la recientemente creada Inqusición— que incluiría la muerte de su amante cristiano, la Susona optó por contárselo a éste.

Desde entonces se llama a ese lugar la Calle de la Muerte.