Después de la conquista, Babilonia siguió siendo culturalmente distinta durante siglos, con referencias a personas con nombres babilónicos y a la religión babilónica conocida desde tiempos tan remotos como el Imperio parto en el siglo I a. C. Aunque Babilonia se rebeló varias veces durante los gobiernos de imperios posteriores, nunca logró restaurar su independencia.
A pesar de varias crisis políticas que marcaron su historia, Sumeria y Acad desarrollaron culturas ricas.
Durante ese mismo período, Asiria se separó del control babilónico y se desarrolló como un imperio independiente, amenazando a la dinastía casita en Babilonia y en algunas ocasiones obteniendo temporalmente el control.
Su miembro más destacado, Nabucodonosor I (r. 1119–1098 a. C.), derrotó a Elam y repelió con éxito los avances asirios durante algunos años.
En cualquier caso, Nabopolasar hizo de Babilonia su capital, dando inicio así al Imperio neobabilónico.
Expresiones arcaicas de 1500 años antes se reintrodujeron en las inscripciones acadias, junto con palabras en el sumerio, no utilizado durante largo tiempo.
Nabopolasar se apoderó del trono en medio de la confusión, y nació la dinastía neobabilónica.
Babilonia en su conjunto se convirtió en un campo de batalla entre el rey Assur-etil-ilani y su hermano Sin-shar-ishkun, que combatieron en la región.
Nabopolasar se vio forzado a soportar ejércitos asirios acampados en Babilonia durante los siguientes siete años.
Nabopolasar tomó Nippur en 619 a. C., un centro clave "pro-asirio" en Babilonia, y hacia el año 616 a. C., todavía controlaba gran parte del sur de Mesopotamia.
[7] Nabopolasar también hizo alianzas activas con otros antiguos súbditos de Asiria, como medos, persas, escitas y cimerios.
Nabopolasar, Ciaxares y sus aliados combatieron contra Ashur-uballit II durante otros cinco años, hasta que Harran cayó en el 608 a. C..
Los ejércitos egipcio y babilónico lucharon entre sí por el control del cercano oriente durante gran parte del reinado de Nabucodonosor, y esto alentó al rey Sedecías de Judá a rebelarse.
Supuestamente, debido a que Amel-Marduk intentó modificar las políticas de su padre, fue asesinado por Neriglisar, su cuñado.
Neriglisar parece haber sido un gobernante más estable, realizando una serie de obras públicas, restaurando templos y otras construcciones.
Dirigió campañas militares exitosas contra Cilicia, que había amenazado los intereses de Babilonia.
Todo esto lo hizo un tanto impopular entre muchos de sus súbditos, particularmente el sacerdocio y la clase militar.
Sin embargo, ya superado en número masivamente, Baltasar fue traicionado por Gobrias, gobernador de Asiria, quien cambió sus fuerzas al lado persa.
Guardias gutianos fueron colocados a las puertas del gran templo de Bel, donde los servicios continuaron sin interrupción.
Los primeros gobernantes aqueménidas tenían un gran respeto por Babilonia, considerándola una entidad separada o reino unido con el suyo propio en algo parecido a una unión personal.
Al menos cinco rebeldes se proclamaron reyes de Babilonia y se rebelaron durante la época del gobierno aqueménida en un intento de restaurar el gobierno nativo: Nabucodonosor III (522 a. C.), Nabucodonosor IV (521-520 a. C.), Bel-shimanni (484 a. C.), Shamash-eriba (482-481 a. C.) y Nidin-Bel (336 a. C.).
[23][24][21] Las fuentes antiguas sugieren que la revuelta de Shamash-eriba contra Jerjes I en particular tuvo consecuencias nefastas para la ciudad.
Aunque no existen evidencias directas,[25] Babilonia parece haber sido severamente castigada por la revuelta.
Jerjes también dividió la previamente grande satrapía babilónica (que incluía prácticamente todo el territorio del Imperio neobabilónico) en subunidades más pequeñas.
[26] Fue bajo el gobierno del Imperio parto cuando Babilonia fue abandonada gradualmente como centro urbano importante y la antigua cultura acadia desapareció por completo.
En el primer siglo del gobierno parto, la cultura babilónica todavía estaba viva y hay registros de personas en la ciudad con nombres babilónicos tradicionales, tales como 'Bel-aḫḫe-uṣur' o 'Nabu-mušetiq-uddi' (mencionados como receptores de plata en un documento legal del 127 a. C.).
[27] Si la lengua acadia y la cultura babilónica sobrevivieron más allá de estos escasos documentos, fueron eliminadas decisivamente alrededor del 230 d. C. con las reformas religiosas introducidas en el Imperio sasánida.
[28] Babilonia es quizás más famosa hoy en día por sus repetidas apariciones en la biblia, donde aparece tanto de forma literal (en referencia a eventos históricos) como alegórica (simbolizando otras cosas).
Nabucodonosor II, a veces confundido con Nabonido, aparece como el gobernante más importante en tales narrativas.
Algunos estudiosos de la literatura apocalíptica creen que esta «Babilonia» del Nuevo Testamento es un disfemismo para referirse al Imperio romano.