La identificación iba hasta el punto que en la escritura sumérica cuneiforme las palabras "Nibru" (Nippur) y "Enlil" se escribían de la misma forma.
Junto al actual campo de ruinas existe una aldea aún poblada conocida en árabe como Niffer.
Durante el dominio persa los templos fueron una vez más reconstruidos y la ciudad aumentó su población.
Con la llegada de los persas Sasánidas Nippur mantuvo su posición y durante la Dinastía Abasí, ya en la época islámica, vivió un nuevo florecimiento.
Posteriormente la población se abandonó hasta el siglo XIV, donde volvió a adquirir características de ciudad.
Finalmente, con la llegada de los Otomanos, la ciudad decayó hasta nuestros días, que conserva tan solo una pequeña aldea.