Durante su estancia en Roma frecuentó a Goffredo Petrassi, quien, sin ser oficialmente su profesor, sí prodigó consejos y sugerencias al joven Donatoni, ayudándolo en su trabajo de composición.
Entre otros, fueron alumnos suyos Pascal Dusapin, Roberto Carnevale, Luca Cori, Matteo D'Amico, Armando Gentilucci, Sandro Gorli, Magnus Lindberg, Giulio Castagnoli, Giorgio Magnanensi, Luigi Manfrin, Luca Mosca, Esa-Pekka Salonen, Aurelio Samorì, Piero Niro, Giuseppe Sinopoli, Alessandro Solbiati, Fausto Romitelli, Alejandro Guarello, Víctor Rasgado, Javier Torres Maldonado, Giovanni Verrando y muchos otros.
En 1998 sufrió un infarto cerebral y su salud se deterioró hasta el punto de que para escribir sus últimas obras orquestales (Prom y ESA - In cauda V) necesitó la ayuda de algunos alumnos para llevarlas al pentagrama.
En 1980 publicó Antecedente X (1980), subtitulado «Sulle difficoltà del comporre» (Sobre las dificultades de componer).
Entre los numerosos reconocimientos que Donatoni recibió durante el curso de su vida, los más importantes son los siguientes: