Luego decidiría dejar de estar en tierra para iniciar una carrera naval en la marina española integrándose como guardiamarina y destinado en el apostadero naval del Callao, donde realizaría varios comisiones siendo por esto ascendido a alférez de navío.
El desastre realista le había permitido a los patriotas liderados por los generales José de San Martín y Bernardo O'Higgins recuperar toda la zona central de Chile y lanzar una campaña al sur que dejó encerrado bajo las defensas de Talcahuano a las fuerzas realistas que fueron reagrupadas por el coronel José Ordóñez.
Mientras los patriotas sitiaban la plaza de Talcahuano, a García del Postigo se le encargo la misión de auxiliar a Ordóñez desde el mar junto a otras embarcaciones y más adelante cooperar con el transporte de las tropas que envió el virrey al mando del general Mariano Osorio para reconquistar Chile.
García del Postigo comandando la goleta Moctezuma y bajo la bandera norteamericana intentó el 24 de marzo burlar el bloqueo para entregar las armas y municiones que traía desde Río de Janeiro, pero terminó siendo capturado por la corbeta Chacabuco, al mando del capitán Thomas Carter.
[2] Al ser capturado se uniría finalmente a la causa patriota y tomaría un lugar en la flota chilena.
Luego se retiró del Perú y su marina para volver a Chile.
Apeló por este asunto ante el director supremo Ramón Freire cinco días antes de su incorporación efectiva a la marina chilena.
A García del Postigo se le dio el mando de la corbeta Chacabuco con la que tendría que mantener la seguridad de las costas chilenas mientras que los otros tres buques al mando de Blanco Encalada partirían a las costas peruanas para auxiliar a las fuerzas patriotas.
Terminadas las campañas de emancipación en el continente y como consecuencia del desarme de la escuadra chilena en 1827, solicitó autorización al gobierno chileno para volver al Perú, por lo que se le concedió licencia temporal.
El 3 de junio de 1828 la Gran Colombia bajo el mando del general Simón Bolívar le declaró la guerra al Perú debido a problemas fronterizos, deudas y por la intervención del Perú en Bolivia.
Del Postigo se enfrentó a él en un combate naval en la Punta Malpelo donde al abrir fuego primero Del Postigo, comenzó un combate naval en espacios cerrados donde resultó herido y casi sus marinos abordaron el buque enemigo.
Finalmente los dos buques grancolombianos se retiran derrotados[7] a Guayaquil siendo perseguidos por Del Postigo.
El general Agustín Gamarra, estando en Paita al recibir la noticia del fallecimiento de Guise, ordenó que García del Postigo se hiciera cargo de la flota, enviándolo a Guayaquil en la goleta Arequipeña, que pasaría a reforzar la escuadra.
En esa posición participó de las operaciones navales durante la guerra civil peruana 1835-1836 entre las fuerzas del general Felipe Santiago Salaverry y las fuerzas combinadas del general Luis José de Orbegoso y el mariscal boliviano Andrés de Santa Cruz, en la que él apoyó al primero con las fuerzas de la escuadra que en realidad no tuvieron mucha participación debido a que la guerra se llevó principalmente en tierra.
[9] No obteniendo garantías para su persona, se vio obligado a huir del país por lo que se refugió en la corbeta de guerra francesa Flora y luego partió desterrado[10] hacia Chile.
El 12 de noviembre de 1836, la tripulación de la corbeta peruana Libertad, que anteriormente había mandando Del Postigo, se sublevaría contra las autoridades confederadas para dirigirse a Chile y ofrecerse para combatir a Santa Cruz siendo nuevamente mandada por su antiguo contralmirante y devuelta al Perú al finalizar la guerra.
Durante el bloqueo le tocó vivir toda clase de vicisitudes, ante la manifiesta dificultad impuesta por las fuerzas navales de naciones europeas como Gran Bretaña, Francia y Estados Unidos que protestaban por el bloqueo y que, en aquella época, apoyaron hasta cierto punto la causa de la Confederación impidiendo un bloqueo efectivo del puerto.
Luego se procedió el 31 de agosto a sitiar con parte del ejército el Callao en la que fuerzas leales a Santa Cruz se habían guarnecido al mando del coronel Manuel Guarda.
Al final Bulnes ante la amenaza le ordenó a Del Postigo que si esto seguía así, se abriera paso con los cañones y en un caso máximo hacer volar la Santa Bárbara.
[14] Del Postigo hizo destapar su artillería de ambas bandas y se dispuso a preparar la corbeta ante un seguro combate con las naves inglesas, y de inmediato por bocina mandó decir al almirante Ross que: "O se retira, o vuelo"[15][16] con lo que el comandante inglés optó por alejarse.
Después de estos hechos finalmente se lograría solucionar el problema por vía diplomática.
En 1840 solicita al presidente José Joaquín Prieto que al retirarse del servicio activo, se le recompense con dos años de sueldo y gratificación renunciando a todo tipo de premios y compensaciones, siendo aprobada su solicitud.
Viajó luego al Perú, ya que la estabilidad del gobierno había regresado.
Falleció en Chillán en 1852[18] dejando sus bienes a su esposa y familiares más cercanos.