Pasado ya el incidente, se le ordenó a Simpson con su buque que junto al capitán Guillermo Wilkinson con la corbeta Independencia se dirigieran a las costas de California , aún bajo dominio realista, para obtener las provisiones necesarias que no encontraron en Acapulco llegando con ese objeto a la bahía de San José.

Allí capturaron al bergantín realista Francisco Javier, una embarcación mercante armada con 14 cañones para el corso y lograron presionar a las autoridades del lugar para declarar la independencia ante el regocijo de su pueblo.

[3]​ Producida la independencia, Simpson partió hacia Loreto bajando a tierra para comprar víveres.

Perdido definitivamente el buque, Simpson se embarcó en la corbeta Independencia y luego de que Cochrane lograra un buen aprovisionamiento del resto de los buques se dirigieron al sur ya que se había obtenido la información de que los buques españoles iban en esa dirección.

De vuelta en Chile y alejado Cochrane del país por las malas circunstancias, Simpson se radicó en el país y continuó su servicio en la marina tomando el mando de la corbeta Chacabuco que se mantuvo en reparaciones durante todo 1823.

Simpson logró ahuyentar al corsario y convoyar el transporte hasta su destino.

Hasta ese momento no había ocurrido problemas durante las operaciones pero al empeorar el clima del lugar se produjo el primer desastre ya que al llegar la noche de ese día, la Voltaire fue sacudido por un fuerte viendo que lo hizo encallar en la costa de Carelmapu sin posibilidad de recuperar el buque.

Se pusieron en funcionamiento la fragata O'Higgins, la corbeta Chacabuco y los bergantines Moctezuma y Galvarino, todos bajo el mando del vicealmirante Manuel Blanco Encalada que había llegado recién desde el Perú.

Roberto Simpson tomó su lugar en la expedición dándosele en noviembre el mando del buque insignia de la escuadra, la fragata O'Higgins.

Durante el bloqueo, Blanco Encalada nombró a Simpson a cargo de las lanchas cañoneras y botes armados, con el objeto de destruir o apresar las cañoneras del puerto.

En ese cargo logró apresar una embarcación y hacer huir a las cuatro restantes al interior del fondeadero.

Luego se le daría el mando del bergantín peruano Congreso desempeñando varias comisiones en ese buque.

Además se dio en Perú una fuerte opinión de anexar para sí el archipiélago.

El día 15 la guarnición del fuerte de Agüi se rendía y esa misma tarde, Quintanilla, desmoralizado, capituló.

En 1836, fue comandante de la Valparaíso, buque insignia del Almirante Blanco Encalada, cuando la guerra se declaró.

Luego se paseó por la costa peruana y estuvo a cargo de perturbar su comercio.

Ese año viajó a Europa para supervisar la construcción de la Esmeralda, la legendaria nave chilena, convirtiéndose en su primer comandante.