Debido a lo infructuoso de buscar otra ruta, Freire intentó modificar el plan atacando directamente la ciudad de San Carlos de Ancud por mar pero la oficialidad se negó por lo arriesgado y propusieron mejor ponerse en una zona ventajosa e intentar liquidar las lanchas cañoneras enemigas para facilitar el ataque a Poquillihue.

Finalmente con el objeto de facilitar las acciones en tierra sobre Poquillihue, el vicealmirante Blanco Encalada se decidió a emprender un ataque para eliminar o capturar las lanchas cañoneras realistas que protegían Poquillihue desde Pudeto.

En la tarde del mismo día 13 se transbordo Blanco Encalada en la fragata O'Higgins para disponer el ataque a las lanchas enemigas.

El proyecto se llevó a cabo durante la noche con catorce botes al mando del capitán de fragata Guillermo Bell.

Inmediatamente hizo varar las tres lanchas cañoneras en la playa de Pudeto, donde se habían refugiado, estimándolas ya inútiles.