Beltrán anotó el único gol para los albiverdes, que en la ocasión vistieron con camiseta verde, pantalón y medias blancas.En aquella temporada el club clasifica a la Liguilla Final para alcanzar el título de la Primera División, en la cual termina en el 8° puesto.La ciudad de Temuco fue considerada una «buena plaza», en conjunto con otras ciudades del país, por lo cual obtuvo dicho ascenso.El plantel no consolidó su gran campaña del torneo anterior, inclusive perdiendo 3-8 ante Universidad de Chile, siendo Mercury recontratado, rematando al final en la decimocuarta ubicación.[26] Al comienzo del torneo oficial, todavía con sueldos impagos, Carlos Parra le indicó al plantel que se encontraban en libertad de acción para irse del club si encontraban una mejor oferta, debido a los problemas económicos.[27] Tras este hecho, presentó su renuncia al club el entrenador Reinaldo Merlo junto a su cuerpo técnico, siendo reemplazado interinamente por Gastón Guevara, y el plantel amenazó con no presentarse ante Deportes La Serena, lo que fue evitado debido a la mediación de Carlos Soto y el alcalde de Temuco René Saffirio.Se contaba con sólo un juego de camisetas visitantes que no habían sido otorgadas por el patrocinador del club, entre otros eventos.Al año siguiente, logró llegar a play offs, tanto en el apertura como clausura, sin embargo, en ambos torneos quedó eliminado.En el plano deportivo, el cuadro albiverde vio impedido su regreso a Primera B, ya que en la penúltima fecha fue derrotado por Unión Temuco, lo que permitió a Naval alcanzarlo y quedar en igualdad de puntos para la última fecha del torneo.Este fue un importante e histórico paso, ya que los hinchas obtuvieron participación en la administración del club.Finalmente, Deportes Temuco no pudo acceder a la siguiente ronda, ya que terminó en la vigesimoséptima ubicación en la tabla acumulada, con cinco puntos en total, luego de haber ganado un partido, empatado dos y perdido tres.Finalmente, se conoce que Temuco vuelve a tener fútbol profesionalizado al ser aceptado en la Segunda División.[54] Para la temporada 2013, el nuevo director técnico es Francisco Huerta,[55] quien como futbolista jugó por Colo-Colo y Alianza Lima.El plantel inició sus preparativos jugando un partido amistoso contra la selección de Gorbea en dicha comuna, el cual ganó 4-0.[65] Ya en la segunda rueda extiende el invicto en la fase regular hasta caer ante Curicó Unido de visita tras un polémico penal, pero retorna rápidamente al triunfo frente a Deportes Puerto Montt.[69] En dicho torneo, se destaca la victoria de visita ante Colo-Colo por 2 a 0 y con dos expulsado,[70] aunque el club queda eliminado en Copa Chile mantiene una muy buena campaña para ser un cuadro en poco tiempo formado y ascendido a Primera, incluso tiene chances de algún cupo a copa internacional y su campaña como local incluso ha sido baja, pero su campaña como visita ha sido muy buena, tanto así que aun con sus malos resultados como local tenía la oportunidad de haber quedado puntero del torneo.[78] Luego, tras un error administrativo por parte del club, Conmebol consideró que hubo inclusión indebida del futbolista Jonathan Requena, el cual ya se encontraba inscrito en la plantilla de Defensa y Justicia en la misma competición, el organismo sudamericano, sancionó al club chileno y le dio por perdido el partido por 3:0.[88][89] Tras el regreso al fútbol, Temuco encadena pésimos resultados, hasta inclusive llegar a 5 partidos seguidos derrotado y sin convertir un gol.[90] Temuco clasificó a la liguilla del ascenso, mas quedó eliminado en primera fase tras perder los dos partidos ante Rangers.[105] En el torneo oficial, el cuadro albiverde terminó en 4° puesto en la fase regular, clasificando al Playoff por el ascenso a la Primera División, quedando eliminado en las semifinales de dicha instancia ante Santiago Wanderers.El diario El Austral de Temuco realizó un concurso, premiando al ganador con un televisor, en el cual la gente podía elegir el nombre para el club.Tales razones motivaron a ambos empresarios a la idea de fusionar ambos clubes, juntándo así la tradición, el apego popular y el legado histórico de Deportes Temuco en la Araucanía, con la estabilidád económica y administrativa que ofrecía Marcelo Salas, además del cupo en Primera B que Unión Temuco mantenía.(61.00 %) Raúl Alfonso Jelvez Garcés (16.00 %) José Marcelo Salas Melinao (23.00 %) El directorio y la administración de Club Deportes Temuco S.A.D.P.El himno nunca ha tenido cambios tanto en su letra como en su música, siendo además, una canción muy conocida y popular en la ciudad de Temuco.Tras convertirse en sociedad anónima deportiva, el club adoptó nuevamente el emblema del año 2000, pero con diversas modificaciones: el círculo era más pequeño y de color blanco, con retoques naranjas en sus lados.En ella, se incluyó una nueva mascota llamada el León del Ñielol, que estuvo activa hasta el año 2002.La actual sede del club se encuentra en la calle Arturo Prat #283, frente a la Plaza Teodoro Schmidt.Además, en ciertas oportunidades el primer equipo entrena en las canchas del complejo deportivo Rosen, ubicado a la salida norte de Temuco.Además, ostenta el récord en la Tercera División con más de 16.000 personas en el estadio en un partido como local el año 2008 frente a Iberia.[141] Fue el primer club de Chile en tener un docureality show en la televisión abierta, llamado Temuco: la última frontera, transmitido por Canal 13 en 2007.
Eduardo Bonvallet, entrenador del club en 2007.
Deportes Temuco enfrentando a Coquimbo Unido, en el Estadio Elías Figueroa Brander, en marzo de 2016.
Mathías Riquero en 2018.
Marcelo Salas, Presidente de Deportes Temuco, en 2016.