En Fernández Vial Sanhueza permaneció hasta 1999, cuando en el año 2000 fue transferido a Colo-Colo, que cedió su pase al Everton de Viña del Mar, club en donde tuvo un muy mal paso, pues el equipo perdió la categoría bajo la dirección técnica de Jorge Aravena.

La temporada se vería coronada con un histórico campeonato tras 33 años de sequía.

La temporada 2005 fue buena, disputando todos los partidos e incluso anotando dos goles en total ese año, lo que hizo que a principios del año 2006 el Atlante de México se fijara en él y le hiciera una oferta,[2]​ pero prefirió quedarse en Colo-Colo.

La temporada 2006 para Sanhueza fue la mejor en su carrera futbolística, se consagró bicampeón del fútbol chileno, llegó a una final en la Copa Sudamericana, jugando todos los partidos de titular, gracias a esto la gente lo describió como el mejor volante de contención del fútbol chileno.

Finalmente a fines de 2007 Sanhueza tuvo una nueva oferta de México, ahora del Necaxa por 800.000 dólares, el club había fichado a Sanhueza, pero cuando el jugador iba a sellar su contrato, hubo problemas y la negociación se frustró, de esta forma nuevamente se quedó en Colo-Colo.

Deportes Temuco no jugaba en la Primera División de Chile hace 11 años.