La guerra se extendió a los distritos de Qazaj, Syunik, Najicheván y el propio Karabaj.
Esto puede observase, por ejemplo, por el extraño emplazamiento del enclave de Najicheván (tierra también perteneciente a Armenia hasta la década de 1940), el cual está rodeado por Armenia al norte e Irán al sur, pero pertenece a Azerbaiyán.
Para 1988 la población armenia que vivía en la región había disminuido a cerca de las tres cuartas partes.
Los conflictos étnicos entre miembros de las comunidades que vivían en Alto Karabaj estallaron al poco tiempo.
Para ese tiempo se estimaba que más de 100 personas habían perdido la vida tanto en Armenia como en Azerbaiyán.
Después de estos hechos, la población armenia en Bakú se vio visiblemente reducida, quedándose en 36 000 habitantes.
Como resultado, nuevos gobiernos no comunistas llegaron al poder en las repúblicas, destacándose el de Borís Yeltsin en Rusia, Levon Ter-Petrosian en Armenia y Ayaz Mütallibov en Azerbaiyán, mientras que Gorbachov se mantenía a cargo del gobierno central como Presidente de la URSS.
Entre los armenios fue común apelar a figuras históricas de guerrilleros de la causa nacionalista, como Andranik Ozanian y Garegin Njdeh, quienes combatieron al Imperio Otomano entre finales del siglo XIX y comienzos del XX.
Las fuerzas azeríes funcionaban de modo similar, aunque su organización era mejor al comienzo del conflicto.
La organización terrorista turca Lobos Grises, de ideología nacionalista y liderada por İsgandar Hamidov (responsable del atentado contra el papa Juan Pablo II en 1981), fue también movilizada para la contienda.
El primer ministro turco Süleyman Demirel afirmó haber sido intensamente presionado por su pueblo para que Turquía interviniera y ayudara a Azerbaiyán.
Sin embargo, Demirel se opuso a tal intervención, refiriendo que la entrada de Turquía en la guerra iría a espolear un conflicto todavía mayor entre musulmanes y cristianos, ya que Turquía posee una población de mayoría musulmana.
Turquía nunca envió tropas a Azerbaiyán, pero mandó consejeros y una cantidad importante de ayuda militar.
A pesar de estar prohibidas, se produjeron manifestaciones y activistas del Frente Popular intentaron dar un golpe armado.
Los críticos caracterizaron a Mutalibov como un dirigente débil y poco implicado en la guerra de Karabaj.
Con esto, los armenios se restablecieron de las bajas y organizaron una contraofensiva para recuperar las fronteras anteriores.
Los azeríes desplazados internamente y los refugiados internacionales fueron forzados en campos provisorios creados por los gobiernos de Azerbaiyán e Irán.
La Cruz Roja Internacional también distribuyó mantas a los azeríes y notó que en diciembre, los refugiados ya tenían comida suficiente para su alimentación.
A pesar del duro invierno que ambos países vivieron, el año nuevo fue acogido por ambos bandos con entusiasmo.
Los enfrentamientos y discusiones políticas entre el ministro del Interior, Isgandar Hamidov, y Gaziev sobre a qué zona debían ser enviadas las fuerzas militares llevaron a la renuncia de este último el 20 de febrero.
Como presidente interino, Aliyev disolvió 33 batallones de voluntarios del Frente Popular, que él consideraba políticamente poco fiables.
Las fuerzas armenias explotaron la crisis política en Bakú, que había dejado el frente Karabaj casi indefenso.
Aunque el gobierno de Azerbaiyán negó esta afirmación, correspondencia y fotografías capturadas por las fuerzas armenias indicaban lo contrario.
Varias brigadas azeríes fueron abandonadas cuando los armenios reconquistaron el paso de Omar, habiendo sido después cercadas y abatidas.
Azerbaiyán tenía agotado prácticamente todo su poderío y confiaba que un alto el fuego fuese propuesto, fuese por la CSCE o por Rusia, una vez que los comandantes armenios afirmaran tener el camino abierto hasta Bakú.
De la misma forma, los azeríes se han negado a dejar pasar el asunto y regularmente amenazan con reanudar las hostilidades.
En 2001, Kocharyan y Aliyev se encontraron en Key West, Florida, para discutir los problemas en cuestión y, pese a que varios diplomáticos occidentales expresaran optimismo, la oposición creciente en ambos países contra la cesión de territorio al oponente diluyó las esperanzas de una solución pacífica.
Se estiman en 800 000 los azeríes desplazados debido a los combates, incluidos los oriundos de Armenia y del enclave.
Varios otros grupos étnicos que vivían en Karabaj fueron también forzados a habitar en campos de refugiados construidos por los gobiernos azerí e iraní.
Esto puede conducir a la desestabilización del conflicto latente entre esos dos estados", escribió el periódico.