Cuenta el historiador Fernández Duro que, aún anduvo cerca de la persona del III duque de Sesa (nieto del Gran Capitán), “pasó con la misma pica a Flandes manejándola trece antes de conseguir una bandera, que tan despacio se caminaba entonces, para merecer el puesto de alférez”.
El primer servicio fue la vigilancia del Estrecho de Gibraltar con 4 compañías en la nao “Juliana”.
Más tarde, en Cartagena, se encontró con el resto del Tercio, donde embarcaron rumbo a Barcelona.
Finalmente, debido a la malas nuevas sobre la Gran Armada, el Tercio se retira.
Éste, que se mostró inflexible y severo no cedió.
Para lavar mala imagen del amotinamiento, Manuel de Vega Cabeza de Vaca, junto a unos 300 soldados no implicados, pidió participar en la vanguardia del ataque de Nimega, lo que permitió la retirada del ejército.
En 1594 Felipe II le distingue con el puesto de Consejero de Guerra, cargo que ocuparía hasta el año 1598, cuando regresó a España.
El almirante partió de Mallorca con 70 galeras y 10.000 soldados españoles e italianos, llegando a la costa africana al anochecer del 1 de septiembre.
La indecisión del almirante de atacar rápidamente, y las malas condiciones climatológicas del día siguiente (niebla al principio, viento y marejada después) desbarataron la expedición, que regresó a Mallorca disolviendo este ejército.
No faltaron cronistas que hablasen sobre él: El poeta Antonio Pellicer (f. 1616) le apellidó famoso caballero, diciendo que sus acciones llenaran un libro; los cronistas Antonio de Herrera y Tordesillas (1549-1626), y Luis Cabrera de Córdoba (1559-1623) le ensalzaron; Diego de la Mata le puso en el Catálogo de Ilustres de la Orden del Santiago, del que era caballero y hermano.