Todas las posesiones portuguesas, salvo las islas Azores o Terceras, reconocían a Felipe II como rey de Portugal.
Al llegar las flotas de Tierra Firme y Nueva España, con 43 naves, intentó convencer a sus generales, don Francisco de Luján y don Antonio Manrique, para efectuar un desembarco conjunto en la Tercera.
El objetivo principal está claro: derrotar a la fuerza naval adversaria; logrado este, expugnar las islas.
Sin embargo, en los contratos de asiento con los dueños de los buques figura que se utilizarán para proteger los buques mercantes, combatir a los piratas o hacer lo que ordene el rey o la reina madre.
La noticia de que Felipe II está preparando una expedición naval contra las islas Azores conduce a concentrar la fuerza francesa para poder hacerle frente en vez de desarrollar el plan escalonado previsto.
El 10 de julio se hace don Álvaro a la mar, portando su insignia en el San Martín, galeón de 1200 toneladas; le acompañan 27 naos y urcas y 5 pataches.
También había un pequeño contingente inglés, al mando de sir Howard of Effingham.
Llevaban 60 navíos con 6000 a 7000 infantes y arbolaban la bandera blanca con la flor de lis dorada.
Al amanecer, la flota francesa, que tenía barlovento, intenta romper la formación española sin conseguirlo.
Bazán ordena a sus barcos que esa noche, al ponerse la luna, sin más órdenes y sin luces, viren para ganar barlovento, esperando así encontrarse al amanecer a barlovento de los franceses, como así fue.
En la mañana del 25, se encuentra por tanto Bazán a barlovento de los franceses, y además la formación francesa está desordenada, porque estaban reparando las averías del combate de la tarde anterior.
Siguen navegando de orza, y parece que tampoco va a haber combate.
Cuando las dos naves están muy cerca, dispara su artillería, produciendo grandes daños a los franceses, y repite la descarga antes del abordaje.
Siendo el San Mateo ya una boya, sin jarcias ni velas, mantiene combate durante dos horas.
Miguel de Oquendo se mete a toda vela entre el San Mateo y la almiranta francesa, disparando contra ella al estar en medio.
Con esta maniobra, rompe las amarras y hunde el costado de la nave francesa, a la que se aferra.
Al dar por perdidas la almiranta y la Capitana, los franceses que no están trabados a naves españolas se retiran, y termina el combate a las cuatro horas de haber empezado.
Se inicia un juicio contra los prisioneros, acusándoles de piratas, ya que España y Francia estaban oficialmente en paz.
Cabe destacar que en esta batalla participó el poeta y dramaturgo Félix Lope de Vega.