[1]​[2]​ Se le atribuye el logro de no haber perdido jamás una batalla bajo su mando, habiéndose enfrentado a franceses, ingleses y musulmanes en una carrera de casi cincuenta años.

Nombrado capitán general del Mar Océano, derrotó a los franceses en la batalla naval de Muros.

En 1538 acompañó por primera vez a su padre en una de sus expediciones, aunque se desconocen los detalles del itinerario.

[9]​ En 1556 realizó una arriesgada acción frente al cabo de Aguer, rindiendo dos barcos ingleses que llevaban armas y municiones a Fez.

Casi todos los oficiales apoyaron su opinión, pero no así Álvaro de Bazán, quien observó que abandonar sería ir contra las órdenes del rey y daría moral a los berberiscos y turcos.

Durante estos años se dedicó a patrullar las costas italianas, reduciendo notablemente los ataques corsarios.

En 1570 todo parecía confluir para que se produjera un choque entre las potencias cristianas y el Imperio otomano.

Para esta tarea se le asignaron treinta galeras, más una agrupación de embarcaciones menores.

El ala otomana mandada por Mohamed Sirocco intentó envolver a Barbarigo, pero Álvaro de Bazán envió a diez galeras, bajo el mando de Martín de Padilla que decidió la situación en el flanco izquierdo, ya que los barcos otomanos quedan encerrados en una pinza y empujados contra la costa.

Como resultado de este refuerzo, el centro otomano quedó totalmente deshecho.

Juan Andrea Doria quedó retrasado con respecto al resto de la formación cristiana y Uluj Alí sobrepasó la retaguardia del genovés y se dirigió al centro del combate.

[20]​ Felipe II envió a Pedro Valdés con cuatro naos grandes para proteger la flota de las Indias pero, por su cuenta y sin tener órdenes para ello, intentó tomar la isla Terceira y fue derrotado en la batalla de Salga (1581).

Felipe Strozzi desembarcó con mil doscientos hombres e intentó tomar el fuerte de Punta Delgada, pero no pudo rendir la plaza y debió reembarcarse porque Álvaro de Bazán se acercaba con su armada.

Bazán partió sin esperar las veinte naos y doce galeras que se encontraban en Cádiz.

[23]​ Felipe Strozzi contaba con una flota de 60 galeones más ligeros que los españoles y urcas con siete mil soldados.

Incluso el día 23 tuvieron una escaramuza en la que la flota francesa lleva la peor parte.

Cuatro naves la rodeaban impidiendo la llegada de ayuda al galeón español.

Entretanto Álvaro de Bazán había ganado barlovento con el San Martín y otros siete buques.

La potencia de fuego del San Martín hizo que varios bajeles franceses se retiraran dejando al descubierto los barcos gobernados por Felipe Strozzi y el duque de Brissac, que fueron abordados por las naos Juana y María, pero otras naves francesas se lanzaron a la batalla formándose un combate cuerpo a cuerpo con toda clase de armas.

En esta situación, Brissac abandonó la batalla dejando solo a Felipe Strozzi que dio la señal de retirada pero se vio atacado por ambos flancos por el San Martín y la nao Catalina, teniendo que rendirse.

La rendición del buque insignia fue la señal para que todas las naves francesas iniciaran la huida.

En el consejo de guerra se acusó a los prisioneros franceses de piratas, pues habían combatido bajo bandera francesa sin estar esta nación en guerra con España.

Álvaro de Bazán no llegó a realizar el desembarco por diversas razones.

[30]​ Apenas fondeó la armada, se envió a un emisario para requerir la paz, prometiendo salida libre a los extranjeros con armas, banderas y equipajes, pero el embajador fue recibido por fuego de arcabucería salvando la vida de casualidad.

Tras comprobar la imposibilidad de alcanzar la paz, se buscó en la isla el lugar donde el desembarco se pudiera realizar con mayor efectividad, encontrándose una zona conocida como cala de las Molas, que finalmente es la elegida.

Mientras varias embarcaciones se dirigieron a bombardear los fuertes cercanos, para fijar las tropas allí estacionadas, comenzó un fuerte fuego artillero contra las posiciones de tierra y las barcas de desembarco se acercaron a tierra.

La ciudad y la bahía fueron ocupadas con facilidad por las fuerzas españolas mientras los franceses se internaban en la isla para preparar una desesperada resistencia que no tuvo ningún éxito.

Al finalizar el Sitio de Amberes por parte de Alejandro Farnesio, toda la fachada atlántica hasta Dinamarca podía convertirse en hostil para Inglaterra, por lo que Isabel envió más ayuda a las fuerzas rebeldes en los Países Bajos.

[12]​ Sin embargo, otras fuentes desmienten esta opinión y que Álvaro de Bazán fuera cesado.

Don Álvaro es muy posible que protegiera a Bernardo de Balbuena y otros poetas, como un desconocido «bachiller Jarana».