Su divisa en latín era Deo patrum nostrorum, que en español significa Al Dios de nuestros padres.

Cuando falleció Fadrique, en 1531, el título ducal pasó directamente a su nieto Fernando como hijo varón primogénito de García.

De esta forma España recuperó el control sobre todo el oeste del Mar Mediterráneo.

[11]​ Nuevamente en 1541 acompañó al emperador al mando de los tercios alemanes contra Barbarroja en la Jornada de Argel que culminó con la victoria otomana provocada principalmente por un temporal.

En 1546, el III duque de Alba obtuvo un nuevo reconocimiento que aumentó su prestigio personal.

La distinción le fue otorgada en el capítulo que se celebró en Utrech llevándole el emperador consigo a Ratisbona donde tenía convocada la Dieta del Sacro Imperio Romano Germánico.

[12]​ Fernando emprendió junto con Felipe un viaje por Europa que se extendió hasta 1551.

El duque no esperó más[13]​ y se dirigió a Roma al frente de 12 000 soldados; ante tal amenaza el papa pidió una tregua parlamentada, tiempo que aprovechó para que un ejército francés mandado por Francisco de Guisa entrase por el norte de Italia y marchase hacia Nápoles.

Por este tratado España inició su preponderancia en occidente y la península itálica obtuvo un prolongado período de tranquilidad.

La paz entre ambas potencias quedó sellada a través del matrimonio entre el monarca español —dos veces viudo— e Isabel de Valois, la hija del rey francés Enrique II.

En la boda real, que se celebró en París, "por poderes", fue Fernando Álvarez de Toledo, quien representó a Felipe II y tomó simbólicamente posesión del tálamo nupcial.

Este era el premio por sus singulares esfuerzos en favor del catolicismo que lo consideró uno de sus campeones.

[nota 1]​ A su llegada sustituyó a Margarita de Parma, la media hermana natural del rey español, como responsable de la jurisdicción civil y rápidamente se dio cuenta de que la nobleza local estaba en franca rebeldía contra el rey Felipe II y apoyaba abiertamente a la corriente protestante.

Durante el ajusticiamiento de Egmont, a quien consideraba su amigo personal y por quien sentía un profundo respeto, no pudo reprimir las lágrimas.

Sin embargo, nunca expresó arrepentimiento ni remordimiento por estas decisiones.

[17]​ El duque de Alba llevó a cabo una significativa reforma eclesiástica, basada en principios españoles y regalistas que se alineaban con las resoluciones del Concilio de Trento.

[18]​ En el ámbito fiscal, el duque de Alba introdujo la alcabala durante su gobernación en los Países Bajos, que comenzó en 1567.

Este impuesto sobre las ventas y transacciones comerciales se diseñó para aumentar los ingresos del gobierno en un momento de crecientes costos militares debido a las revueltas en la región.

La alcabala pudo haber impuesto una carga desproporcionada sobre los comerciantes y consumidores de menores recursos, exacerbando las tensiones sociales en un período ya marcado por conflictos religiosos y políticos.

Dado que las opiniones de ambos duques eran incompatibles y frente a la delicada situación militar que atravesaban los Países Bajos, el rey Felipe II decidió mantener la confianza en Alba y relevó a Medinaceli de sus funciones como gobernador.

Pero a pesar de que las acciones militares fueron constantes, la situación política no mejoró en modo alguno.

Fernando, en cambio, se oponía a la eliminación del impuesto -al que consideraba indispensable para poder financiar los costos que irrogaban tanto la administración civil como la campaña militar en los Países Bajos- y si bien aceptaba un perdón, el mismo no debía ser general sino limitado -ya que debía hacerse con excepciones y mencionarse acabadamente los nombres de las personas excluidas, en especial aquellas que habían participado en los tumultos de 1566-.

Si bien los albistas aconsejaron al rey mantener una posición firme en la cuestión de los Países Bajos, el propio rey Felipe II reconoció públicamente que El monarca ordenó a Luis de Requesens que negociara con los rebeldes.

Pero estas negociaciones no resultaron ser suficientes por lo que el gobernador debió reiniciar las hostilidades contra los rebeldes y murió en el campo de batalla.

Todo esto determinó que Felipe II volviera a dispensar al duque de Alba un trato superior en la corte.

Al año siguiente había sido puesto en libertad para que pudiera marchar con su padre a Flandes prestando servicio en el ejército.

Este accedió a la nueva encomienda de Felipe manifestándole que

El duque, nombrado capitán general, reunió sus fuerzas, estimadas en 40 000 hombres, en Badajoz,[27]​ y en junio de ese mismo año cruzó la frontera hispano-portuguesa y avanzó hacia Lisboa.

Pero también el III duque le practicó modificaciones adecuadas a los usos y al protocolo renacentista.

Fernando sumó también un busto propio, factura del escultor italiano Leone Leoni y un lienzo también con su retrato obra de Tiziano.