El 23 de octubre de 1998 en la Catedral de Sevilla contrajo matrimonio con el torero Francisco Rivera Ordóñez, ceremonia que contó con aproximadamente 1400 invitados, entre ellos los Duques de Lugo.

[2]​ De este matrimonio, que fue declarado nulo,[3]​ nació una hija, Cayetana Rivera y Martínez de Irujo (Sevilla, España, 16 de octubre de 1999).

Después en 2005 María Eugenia tuvo una relación con Gonzalo Miró hasta 2009.

En el reparto previo de la herencia de su madre, a Eugenia también le correspondió la finca de Ibiza "S'Aufabaguera" ("La Albahaca" en ibicenco) en Cala Salada.

[4]​ El 17 de noviembre de 2018 contrajo matrimonio con Narcís Rebollo Melció, presidente de Universal Music España y Portugal, en Las Vegas, Nevada.