En diciembre de aquel año, y auspiciados por Gregorio Marañón, los republicanos cartageneros se congregaron en el Ateneo y promovieron una manifestación espontánea, mientras que los partidarios del Partido Socialista Obrero Español (PSOE) convocaron una huelga general.
En respuesta, el gobernador civil de Murcia Paulino García Franco declaró el estado de guerra y la policía arrestó y recluyó en la Prisión Provincial a 20 personalidades involucradas en ambos movimientos subversivos, logrando Pérez San José evitar aquel destino gracias a que no pudo ser localizado en el momento de las detenciones.
[10][11] Sin embargo, la inestabilidad del consistorio pronto entorpeció la actividad política, debido a las crecientes diferencias entre los socios de la Conjunción Republicano-Socialista que había triunfado en los comicios.
La crisis de gobierno se recrudeció en los meses siguientes, y cuando en agosto Romero renunció fue sustituido por el socialista Amancio Muñoz Zafra, aunque su mandato se extendió solo hasta enero de 1932.
[a] Habiendo asimismo recabado el apoyo de Juan Cervera Valderrama, almirante-jefe del Departamento Marítimo de Cartagena, el alcalde Isidro Pérez daba el día 29 la bienvenida a la comitiva gubernamental, que incluía a los ministros Marcelino Domingo e Indalecio Prieto además del presidente Alcalá-Zamora.
Aunque la situación pareció encauzarse cuando se acordó extender la inspección sobre todos los mandatos del periodo republicano, los socialistas terminaron por tramitar una moción de censura al mes siguiente, y finalmente Pérez San José dimitía, hastiado, en la sesión del 30 de septiembre.
[21] Dicha sustitución tuvo lugar en octubre del mismo año cuando, días después de quedar sofocada la huelga general promovida por los socialistas, fue disuelto el Ayuntamiento y nombrado un alcalde accidental como fase previa a la constitución de la comisión gestora, en noviembre.
[25][26] Entretanto se dejó ver en actos como el entierro el 24 de julio de Antonio García Fuentes, primer miliciano cartagenero fallecido en combate, incorporándose a su comitiva fúnebre en representación del alcalde César Serrano Mateo.
Meses más tarde, su esposa y sus tres hijos –dos habían fallecido prematuramente para entonces– arribaron a Túnez, e Isidro Pérez reiniciaba su vida en familia.
[23] En 2018, el Ayuntamiento de Cartagena rindió homenaje al exalcalde organizando una conferencia sobre su figura, cuya exposición correspondió al cronista oficial Francisco José Franco Fernández, y que contó con la presencia de la alcaldesa Ana Belén Castejón.