Ha enfrentado cierres, cambios de nombres, invasión militar, censura, presupuestos reducidos, etc. todo esto ha permitido que la Universidad cuente con una madurez que le ayuda enfrentar el presente con solidez y responsabilidad social, y siempre viendo hacia el futuro.
Además, dentro de sus instalaciones ha transitado una gran variedad de personajes que se han destacado tanto en el ámbito local, regional como nacional, y en temas tan variados como la política, la literatura, el cine, las artes, entre otros.
Pero en este año decidieron tratar de lograr al mismo tiempo enseñanza elemental y secundaria.
Para financiar el colegio se recogieron 24.520 pesos entre los particulares: la Corona todavía no pensaba que debía pagar la educación.
Después del grito de la Independencia en 1810, comenzaron los problemas con la Iglesia católica y en 1812 la comunidad franciscana abandonó a Medellín y no alcanzó a ocupar los edificios dejando la obra en mitad de camino.
Todo este esfuerzo por hacer llegar las luces del saber a Antioquia se vio manchado de sangre y miedo cuando la reconquista española llevó al castigo o al exilio a algunos de sus artífices.
Para fortalecer las finanzas de dicho colegio, el general Francisco Urdaneta, en ese entonces gobernador de la provincia, convocó a una junta a la que asistieron 59 personas, en su mayoría empresarios del comercio y la minería, quienes aceptaron apoyar económicamente la institución.
Por un corto período prevaleció la influencia santanderista (1823-1828), que seguía las enseñanzas del inglés Jeremías Bentham, cuya lectura fue prohibida con motivo de la Conspiración Septembrina, en la que resultó implicado un grupo de notables antioqueños.
El colegio permaneció cerrado entre 1830 y 1834 por los destrozos sufridos durante la ocupación de las tropas leales a Bolívar.
El último año mencionado se reabrió la institución con otro nombre: Colegio Académico de Medellín.
Fue reorganizado en tres escuelas: Gramática, Filosofía y Jurisprudencia, bajo una orientación liberal, al amparo del gobierno de Santander.
Dicha resistencia incluyó un estruendoso estallido de petardos en el interior del claustro.
Esta vez los frutos de la asignatura se reflejaron en los discípulos del profesor extranjero, ya que todos ellos se destacaron posteriormente como expertos en minería, metalurgia y ciencias naturales, entre otros, Andrés Posada Arango, Francisco de P. Muñoz, Liborio Mejía Santamaría, Mario Escobar, Ildefonso Gutiérrez, Pastor Restrepo.
Este fue el período que propició la transformación del colegio en institución de educación superior, organizada en torno a escuelas y con la potestad de otorgar títulos profesionales en las diversas áreas del saber.
La marcha de la institución por aquellos años estuvo marcada por la estabilidad e impacto en el desarrollo regional a través de sus egresados, que se desempeñaron como abogados, jueces, médicos, artesanos y maestros en las diferentes localidades antioqueñas.
Dos años permaneció cerrada la institución, luego de los cuales reinició labores con 76 estudiantes y con un cuerpo profesoral reducido a su mínima expresión.
Algo similar ocurrió a comienzos del siglo XX con la Escuela de Agricultura.
En dicho período prevaleció en la universidad la propuesta republicana y civilista del expresidente de la República, Carlos E. Restrepo.
La edificación de la universidad presentaba un deterioro paulatino, el cual duró hasta 1908 cuando Tulio Ospina, rector encargado por aquellos días, y más tarde Miguel María Calle, encomendaron al maestro Horacio Rodríguez la tarea de darle a la Universidad el edificio que se merecía.
Para la remodelación se contempló, desde un principio, la necesidad de replantear la estructura general del edificio original.
Así mismo se crearon programas institucionales como el Martes del Paraninfo, que contó con una nutrida asistencia y un selecto grupo de ponentes.
El traslado de la Universidad a la actual Ciudad Universitaria se inició en 1968, aún sin terminar.
En 1993, el proyecto universitario se enmarcó en cuatro puntos en los cuales se consideraba la sociedad como valor fundamental en las actividades universitarias: apertura a las distintas corrientes del pensamiento, la ciencia y la técnica; construcción de alianzas estratégicas con las organizaciones civiles y productivas y con el Estado; desarrollo de una ética creadora de puentes entre los distintos estamentos universitarios; y la aceptación de la universidad como bien público.
También se plantea la necesidad de una formación menos profesionalizante y más integral.
Alrededor de mil proyectos de investigación en curso, arrojan entre sus resultados más de 153 publicaciones internacionales por año, en revistas científicas tan prestigiosas como American Journal of Human Genetics, American Journal of Tropical Medicine and Higiene, Physical Review, Optik, Physica B: Condensed Matter, Optics Communications, entre otras.